自我净化系统是指对环境污染物有一定程度自净消纳能力的系统。是环境污染物经过农业土壤和植物、微生物的物理、化学及生物作用，在不超出环境容量的前提下，自我净化的农业生态综合体。土壤-植物系统是个自然活过滤器，净化功能的机制是：植物根系与叶面的吸收、转化、消解与合成；土壤微生物的降解、转化及生物固定作用；土壤胶体的吸附、络合和沉淀作用；土壤的离子交换作用、机械滞留及气体扩散作用。对于不同污染物质，土壤-植物系统的净化机理、强度和过程也不相同；其生态结构不同，对污染物的净化效率也不一样。这些因素是构成个具体系统环境容量的基础。如利用土壤净化污水已有100余年历史；利用水生植物净化污水，生态效益和经济效益均十分显著。