厌氧菌尚无公认的确切定义，但通常认为这是一类只能在低氧分压的条件下生长，而不能在空气（18%氧气）和（或）10%二氧化碳浓度下的固体培养基表面生长的细菌。按其对氧的耐受程度的不同，可分为专性厌氧菌、微需氧厌氧菌和兼性厌氧菌。
根据对O2的耐受程度，可将厌氧菌分为三大类：
（1）对氧极端敏感的厌氧菌：代表菌种为月形单胞菌，这类细菌对厌氧条件要求很高，在空气中暴露10min即死亡，临床上很难分离出。
（2）中度厌氧菌：代表菌种为脆弱拟杆菌、产气荚膜梭菌等临床分离常见的厌氧菌。它们在空气中暴露60～90min或在脓汁抽出72h后仍然能分离出来。
（3）耐氧厌氧菌：代表菌种为溶组织梭菌。这类细菌不能利用氧，在无氧条件下生长好，而在有氧条件下生长不佳。
普遍存在
厌氧菌是人体正常菌群的组成部分，广泛存在于人体皮肤和腔道的深部黏膜表面，在组织缺血、坏死，或者需氧菌感染的情况下，导致局部组织的氧浓度降低，才发生厌氧菌感染。
抗厌氧菌类药物主要为硝基咪唑类，包括甲硝唑和替硝唑等。因为便宜，副作用小，不易产生细菌耐药，所以应用广泛，其中甲硝唑使用最多，但细菌对甲硝唑的耐药性也在不断增加。厌氧菌感染，要用甲硝唑或替硝唑。 厌氧菌
在治疗某些感染性疾病时，有时候即使使用再高级的抗生素，效果也不好，反而导致菌群失调，加重病情。这种情况，可能是因为我们忽视了对厌氧菌的治疗。
多为混合感染
由于甲硝唑被还原的中间产物对氧十分敏感，所以在有氧环境下容易失活，故只对厌氧菌发挥作用。但厌氧菌感染多为混合感染，即厌氧菌和需氧菌掺杂，两种细菌互相促进生长，因此在治疗厌氧菌感染时，须采用分别对需氧菌和厌氧菌敏感的药物，一般与头孢类药物合用，提高疗效。
由于厌氧菌培养需要一定的条件和时间，所以常在获得实验结果以前，医生已作出抗厌氧菌治疗的决定。因为感染的常见部位为口腔、腹腔、肠道及盆腔等，所以当这些部位发生感染性疾病时，治疗上一般会使用抗厌氧菌类药物。此外，当脓液或渗出液有腐败性臭味或甜味时，提示厌氧菌感染的可能性大。
牙周炎致病菌
“口腔部位腔隙较多，利于细菌生长。”首都医科大学附属北京朝阳医院口腔科主任陈世璋说，研究显示，成年人牙周炎时，革兰氏阴性厌氧菌所占的比例，约为75%。
在口腔科炎症的治疗中，抗厌氧菌类药物应用比较普遍。主要用在以下方面：慢性成人牙周炎，口服甲硝唑或替硝唑，一周后停药，药效可以维持1―2周；慢性牙周炎急性发作，或由厌氧菌造成的严重感染性疾病，如颌面部的间隙厌氧菌感染、上颌窦炎等，需要与其他抗生素联合用药，静脉点滴3―5天。