塞巴斯蒂昂的祖父是葡萄牙国王若昂三世，祖母则是哈布斯堡的卡塔琳娜，父亲为若昂三世的第八个儿子若昂·曼努埃尔亲王，母亲是来自西班牙的胡安娜。塞巴斯蒂安的出生日子正好是圣徒塞巴斯蒂安的主保节日，因此他被命名为塞巴斯蒂安。具有强烈天主教信仰的若昂三世家庭生活十分不幸，他与王后一共育有9个孩子，但是没有一个是存活到他本人去世之前的，可见葡萄牙王室成员的身体素质之衰弱。因此当塞巴蒂斯安尚在母亲腹中的时候，他就被葡萄牙人视为自己的希望。当时的葡萄牙人回忆，这个王子是人们用眼泪、游行、祈祷以及施舍才从天主那里换来的。他是在广大民众的欢呼和热烈期待中诞生的。
因为他的父亲在他出生前两周早逝，所以他成为葡萄牙王位的继任人，他于三年后继承王位。当他还是婴儿的时候，由属于西班牙哈布斯堡王朝的祖母卡塔琳娜摄政，1552 年以后，由叔祖埃武拉公爵红衣主教恩里克（恩里克一世）摄政。这段时期，葡萄牙帝国扩展至安哥拉、莫桑比克、马六甲及澳门。
他童年时受到耶稣会的深厚影响，是个神秘主义者，且曾经试过长时间的打猎及守斋。生理上的缺陷限制了他作为正常人的欲望。由于生殖器上的缺陷和疾病，他对女人似乎没有足够的兴趣，仅有的一次提亲是和苏格兰女王玛丽一世的联姻提议，但是这迅速被塞巴斯蒂安避而不谈，仿佛和他谈论婚姻如同上刑一般。这让举国上下非常担心，担心葡萄牙再次陷入到绝嗣的境地之中。他在生理上的缺陷并没有影响到他在体力上追求强健，他在各种恶劣气候和环境下坚持严酷的锻炼：狩猎、行猎、长枪比武、斗牛等等，在暴风雨中他还经常驾着一艘小船出海游荡，来砥砺意志，由于喜欢习武和骑马 ，这个年轻国王不喜欢呆在里斯本，而是带着一群贵族子弟，在各地游荡狩猎。
他于1568年亲政 ，之后他努力发展与法兰西、奥地利等国的关系，而且他还整顿了葡萄牙的财政、军事、司法体系，1568年他建立了奖学金制度，资助在英科布拉大学学习医学和生物的学生。同时他还投资支持巴西的印第安盟友反抗法国人。
1569年在里斯本大瘟疫期间，他从西班牙的塞维利亚请来了医生，来应对泛滥的里斯本瘟疫。此后，里斯本的救济院和孤儿院也在他的扶持下建立了起来，1572年，贾梅士将他的大作卢西塔尼亚人之歌献给了塞巴斯蒂安。除此之外，他还在全国范围内建立公共的谷仓，为农民提供粮食和谷物的贷款，以便帮助他们度过荒年。
16世纪70年代，塞巴斯蒂昂一世派弗朗西斯科-巴雷托Francisco Barreto 和瓦斯科-奥雷姆发动津巴布韦远征，试图征服南部非洲内陆的莫诺莫塔帕王国，以失败告终；但此后葡萄牙势力得以介入津巴布韦。
但是在他统治的时代，正是葡萄牙的统治困难日益增多的年代。由于在16世纪早期，葡萄牙的印度殖民地源源不断地为本国输送香料和各种奢侈品。这一过程的结果是：大量人口流入城市，年轻人不愿意从事农业生产，所有社会阶层不论贫富都崇尚享乐，里斯本宫廷的仆臣数量非常庞大，而各个乡间的小朝廷的廷臣数量也比以前更大，虽然王室多次发布法令，禁止臣民的奢侈攀比之风，虽然国家的收入在降低，但是人们的开支却在日益上涨。