成立时间1986年4月，广西壮族自治区人民政府以桂政办函[1986]122号文和桂编[1986]192号文批准成立自治区级合浦儒艮自然保护区；
1992年10月，国务院国函[1992]166号文批准成立国家级合浦儒艮自然保护区。
2021年2月5日，被中国林学会命名为第五批全国林草科普基地，有效期为2021年～2024年。[1]
1996年，成立保护区管理机构。广西壮族自治区合浦儒艮国家级自然保护区管理站（与广西北海海洋环境监测中心站实行两块牌子一套人马的管理方式），隶属广西区环保厅，属正科级事业单位，编制10人。
保护区管理站现有工作人员16人，设站长室（3人）、办公室（6人）、生态研究室（7人）。人员专业：博士1人（环境科学），研究生3人（环境科学、海洋生物、遗传），本科7人（无机化学、化学、环境工程、微生物、海洋渔业、环境生物、海水养殖），大专4人（环境工程、计算机、法律、环境监测），其它1人。
广西合浦儒艮国家级自然保护区位于北部湾铁山港海域，东起山口镇英罗港，西至沙田港海域，西临铁山港航道，北侧海岸线全长19.6 km。保护区界线坐标（21°30.00′，109°38.50′）、（21°30.00′，109°46.50′）、（21°18.00′，109°34.50′）、（21°18.00′，109°44.00′）四点0m等深线以下的海域内，面积350km，其中核心区面积132km，缓冲区面积为110 km，实验区面积108 km，保护区离铁山港西岸线6 km，离铁山港航道约2.5 km，离沙田渔港航道0.5 km。
1、保护以儒艮和中华白海豚为主的珍稀海生动物及其栖息环境，维护生物多样性。
2、保护儒艮的主要食物——海草等海生植物，保护海草床生态系统。
3、依法查处破坏保护区的各种违法行为。
4、开展对儒艮和中华白海豚等珍稀海生动物调查研究及救护工作。
5、开展保护环境的宣传和科普教育活动。
6、防止沿岸及海上船只“三废”对保护区的污染。
1、儒艮：国家Ⅰ级保护动物在保护区内已多年没有获得儒艮的照片和实体证据。最近一次发现儒艮实体是1997年3月，已死亡，渔政工作人员执法时收缴，口中有海草。疑似儒艮发现及问卷调查中所获的信息，仍然不排除该水域仍有儒艮分布和活动的可能性。