晋哀帝兴宁二年（364），东晋天师道士杨羲扶乩降笔，称紫虚元君上真司命南魏夫人降授《上清真经》31卷，命杨羲用隶书写出，以传护军长史句容许谧及其子许逊，二许又传写《上清经》，并修行上清经法得道。东晋末，王灵期至许黄民（许逊之子）处求《上清经》后，又增删润色，作《上清经》法至五十余篇。江东道士慕上清经法丰博，争相传抄，故在江东地区形成传授修习《上清经法》的上清派。后陶弘景搜集杨、许手迹，编为《真诰》并纂集上清法术，撰《登真隐诀》,上清经法更臻完备。该派称修行得道可以升入“上清天”，比天师道的“太清”境界更高，乃自称上清家；因陶弘景居茅山传上清经法，以茅山为圣地，故后世又称茅山宗。陶弘景使茅山上清派不断发展壮大，在道教史上地位显赫，影响深远。
经历南北朝、隋，上清一系逐渐成为引人瞩目的道教派别。唐代初期，以茅山上清一系为中心的道教徒渐渐在社会上层的知识、思想与信仰世界占据了一定的位置，到8世纪中叶，尽管事实上也有各家道教人物活跃在长安和洛阳，但是，在上层士人中间最有影响的，还是从司马承祯到李含光的茅山上清派一系。宋代以后逐渐与其他道派合流，元代以后归并于正一道。
上清派以晋代女道士魏华存（南岳魏夫人）为第一代宗师，杨羲为第二代宗师。杨羲以下依经法传授次序，第三代至第九代上清派宗师分别是许穆、许翔、马朗、马罕、陆修静、孙游岳、陶弘景。
一、民间道教转向士族道教发展。
上清派是由南天师道衍变、分化而来。东晋时期，由于南下的司马氏政权对江南士族存有戒心，造成许多世家大族在政治上并不得志，他们便以老庄思想作为精神寄托，并因此而加入到道教信仰者的队伍中来。由于他们均是世家大族出身，受到过良好的教育，文化修养较高，所以对原本天师道中反映下层平民的那些思想感到不满，对原来道教中存在的浅陋庸俗的科仪教戒甚是鄙夷。于是，他们开始按照自己的喜好和兴趣对旧的天师道进行扬弃改造。上清派多重于个人精、气、神的修持法，不重符箓、斋醮和外丹，贬斥房中术，易为士大夫和统治阶级所理解和接受，这也正是该派能较快发展、壮大的重要原因。上清派的出现，反映了民间道教转向士族（士大夫）道教发展的变化。
二、上清派使道教理论更趋成熟。
上清派宗师出身江东士族，其尊奉的《上清经》，首先表达了独特的成仙思想，使上清派对道教的终极理念的阐释富有特色；其次其所构想的身中之神使上清派在一定程度上满足了人们自我拯救的需要。同时在客观上使上清派在道教向理论化方向发展的过程起到了积极的促进作用。
三、上清派最具特点的修炼方法是存思。
认为通过存思，天地之神可以进入人体，人体之神与天地之神混融，即可长生不老，飞登上清。上清派的存思、服气、咽津、念咒、佩符等修持方法，对道教斋醮仪式影响甚大。
《上清大洞真经》：简称《大洞真经》、《洞经》或《三十九章经》，上清派最早崇奉的主要经典，谓读之万遍即可成仙，被誉为“仙道之至经”。此经被上清派奉为诸经之首，比较典型地反映了上清派的修习方术。全书39章，以歌诀形式叙述存神法。此经在唐宋以前影响很大，后因内丹术之兴起，影响渐衰。但经中的穴位名称及气血津液、人体结构观念，多与传统医学相通，对研究道教的养生气功有重要的参考意义。