瑞典博物学家林奈（Carolus Linnaeus，1707年5月23日—1778年1月10日）在18世纪就将生物界分成植物和动物两界，这种两界系统，建立得最早，也沿用得最广和最久。以后出现了三界系统，即在动、植物界外，又另立原生生物界。后来又有了四界系统，即后生植物界、后生动物界、原始有核界（包括单胞藻、简单的多细胞藻类、粘菌、真菌和原生生物）和原核生物界。所谓五界系统，即植物界、动物界、真菌界、原生生物界和原核生物界。在70年代，我国学者又把类病毒（viroids）和病毒（virus）另立非胞生物界，和植物界、动物界、菌物界（即真菌界）、原生生物界、原核生物界，共同组成了六界系统。
生物是按“级”进行分类的。首先，按生物最基本的区别，把生物分成不同的“界”，这是生物最大的一级分类单位；然后，按界内生物最基本的区别把界内生物分成不同的“门”；依次往下，进行门内分“纲”、纲内分“目”、目内分“科”、科内分“属”和属内分“种”，种是生物最小的一级分类单位或基本单位。
生物的界级分类随着人们研究技术的改进和认识的深入，从先到后大致提出了如下几个分类系统：
瑞典生物学家林奈，注意到周围的生物有固着不动和自养型的植物，也有自由行动和异养型的动物。因此，他把整个生物分成相应的两大类：植物界和动物界，即所谓的两界分类系统。该系统把细菌类、藻类和真菌类归入植物界，把原生动物类归入动物界。在分类上，这个系统自问世以来，一直沿用到20世纪50年代。
在二界分类系统，对于原生动物，如我们熟悉的草履虫、变形虫和疟原虫等，因它们能自由运动和属异养型，归入动物界；一些藻类，如裸藻和甲藻，因它们不能自由行动和属自养型，归入植物界。但它们有一共同的基本特点：单细胞生物，在结构上远比多细胞的动物和植物简单。所以，1866年，德国生物学家赫克尔(E·H·Haeckel)，从进化观点，在两界分类系统的基础上又增加1个原生生物界，包括单细胞动物和其他一些难以归入动物界或植物界的单细胞生物，作为植物界和动物界的祖先。这个三界(原生生物界、植物界和动物界)分类系统，初步地反映了生物进化的途径。
在三界分类系统，只因真菌类(如我们日常食用的蘑菇以及遗传上常用的实验材料粗糙脉孢菌和面包酵母)固着生活和有细胞壁而归入植物界。但真菌细胞壁的化学组成是几丁质(而不是纤维素)，储存的是糖原(而不是淀粉)，这些都有别于其他植物。真菌虽为异养型，但主要为腐生或寄生，有别于动物的异养摄生或异养摄食；真菌为细胞外消化，即把其消化酶分泌到食物上，在胞外把食物分解后再吸收到胞内供利用，也有别于动物的细胞内消化。由于真菌与植物和动物的上述明显差异，所以 在1938年考柏兰（H.F.Copeland）提出了另立1个真菌界的四界(原核生物界、真菌界、植物界和动物界)分类系统。