乾隆五十八年六月初四日（1793年7月11日）亥时，祁寯藻出生于北京城南宣武门外铁门官舍。[41] 当时其父祁韵士正复校文渊阁、文源阁《四库全书》。[42] 祁寯藻在兄弟六人中排行第五。[45] 今人绘祁寯藻家族世系
祁寯藻是山西平定州寿阳县平舒村人。先祖祁旺自元末由洪洞迁至寿阳平舒村，至祁寯藻为第十六世。[45] 他生在一个以农耕为本的诗书之家[45] ，自幼聪明过人，他四岁开始识字，六岁入家塾，十岁写作文，读书过目不忘，被人们誉为神童。十二岁时，祁寯藻赋《春草诗》以见志。嘉庆九年（1804年），祁韵士因宝泉局亏铜案发，被牵连逮问治罪，十二岁的祁寯藻随侍狱中读书，开始学诗。 嘉庆十年（1805年）二月，宝泉局同案监督五灵泰之子申诉，使此案真相得以大白于天下，祁韵士得免重罪，仍被遣戍伊犁。 五月，祁寯藻与各位亲属随母亲刘氏回到寿阳平舒老家。[38]
刘氏为把祁寯藻培养成人，先后特邀请了张观藜、赵映奎、孙传绪、苏平世等名师，给他讲解四书五经。祁寯藻在诸位老师的教诲下，开始学应试文字。嘉庆十二年（1807年），十五岁的祁寯藻参加县里的考试，取县学附生第五名。嘉庆十三年（1808年），以一等一名补县学廪膳生。[42]
嘉庆十四年（1809年），祁寯藻娶衢州知府曹寿阶之女为妻。是年，祁韵士也从伊犁被释回。[42]
嘉庆十五年（1810年），祁寯藻参加了省里举行的乡试，得中举人。中举后他继续奋进，刻苦学习。第二年（1811年），参加了京城的会试，应试未中，继续攻读。[42] 至嘉庆十九年（1814年），二十二岁的祁寯藻参加会试，中式第九十七名。四月，终于考中进士，被选为翰林院庶吉士，入庶常馆。[7] [38]