舌咽神经的根丝，自延髓橄榄后沟前部出脑，与迷走神经和副神经同出颈静脉孔。在孔内神经干上有膨大的上神经节，出孔时又形成一稍大的下神经节。舌咽神经出颅后先在颈内动、静脉间下降，然后呈弓形向前，经舌骨舌肌内侧达舌根。其分支如下：
鼓室神经
鼓室神经发自下神经节，进入鼓室，在鼓室内侧壁的粘膜内与交感神经纤维共同形成鼓室丛，发出许多小支，分布至鼓室、乳突小房和咽鼓管的粘膜。鼓室神经的终支为岩小神经，含副交感纤维，出鼓室入耳神经节，交换神经元后，经耳颞神经分布于腮腺，控制其分泌。
颈动脉窦支
颈动脉窦支1～2支，在颈静脉孔下方发出，沿颈内动脉下降，分布于颈动脉窦和颈动脉小球。颈动脉窦是压力感受器，颈动脉小球是化学感受器，分别感受血压和血液中二氧化碳浓度的变化，反射性地调节血压和呼吸。
舌支
舌支为舌咽神经的终支，经舌骨舌肌深面，分布于舌后1/3的粘膜和味蕾，司粘膜的一般感觉和味觉。
茎突咽肌支
由舌咽神经分出，支配茎突咽肌。
扁桃体支
至腭扁桃体和咽腭弓、舌腭弓的粘膜，司一般内脏感觉。
咽支
在咽侧壁上与迷走神经的咽支以及交感神经共同组成咽丛。舌咽神经的咽支司咽粘膜一般内脏感觉。舌咽神经损伤后，咽和舌后1/3感觉障碍，咽反射消失，舌后1/3味觉丧失。
含五种纤维成分：
1.特殊内脏运动纤维：起于疑核，支配茎突咽肌。
2.副交感纤维：在耳神经节交换神经元后分布于腮腺，司腺体分泌。
3.一般内脏感觉纤维：胞体也位于下神经节，中枢突终于孤束核，周围突分布于咽、舌后1/3、咽鼓管、鼓室等处的粘膜以及颈动脉窦和颈动脉小球。
4.特殊内脏感觉纤维：胞体位于颈静脉孔处的下神经节，中枢突终于脑干孤束核，周围突分布于舌后1/3的味蕾。
5.躯体感觉纤维：胞体位于上神经节内，分布于耳后皮肤。
舌咽神经痛是一侧咽部舌根部及扁桃体区发作性疼痛，发病率非常低，大约只有200万分之一。常痛起突然，可放射到同侧舌和耳深部，持续数秒至数十秒，伴有唾液分泌增加，说话、吞咽、触摸患侧咽壁及下颌角均可诱发，疼痛表现为闪电样、刀割样或烧灼样剧痛。该病本身没有致死性或致残性，但极少有自愈可能。
舌咽神经颅外部分走行与分支舌咽神经和迷走神经、副神经一起自颈静脉孔出颅腔。在颈静脉孔处舌咽神经位于该孔的前外侧，迷走神经、副神经居该孔的后外部，之间以硬脑膜形成的隔膜分开。舌咽神经、迷走神经、副神经与岩下窦、颈内静脉经颈静脉孔内口出颅。GphN在近颈静脉孔下缘处膨大形成下神经节(又称岩神经节)，在下神经节的稍上方可见形态小于下神经节的上神经节。下神经节位于颈静脉孔下侧的岩小窝内，与周围组织结合紧密，不易分离。