鞭毛虫（flagellate）[5] 是以鞭毛作为运动细胞器的原虫。因种类的不同虫体有一根或数根鞭毛，以二分裂方式繁殖。对人体危害较大的鞭毛虫有杜氏利什曼原虫、阴道毛滴虫、蓝氏贾第鞭毛虫等。鞭毛亚门(Mastigophora)的原生动物。多为单核，具鞭毛1或多根，用于运动和感觉。许多鞭毛虫具薄而坚韧的表膜或被以一层胶状物。无性(纵裂)或有性生殖。鞭毛虫可分2纲︰植鞭毛虫纲(Phytomastigophorea,类似植物)及动鞭毛虫纲(Zoomastigophorea,类似动物)。
植鞭毛虫纲含叶绿素，能营光合作用，如眼虫和腰鞭毛虫。植鞭毛虫纲和藻类之间无明显区别。某些植鞭毛虫类在植物分类学上置于藻类中。动鞭毛虫纲的成员无色，接近于动物，如共生的超鞭虫。有的动鞭毛虫生活在白蚁和蟑螂消化道中，能帮助昆虫利用纤维素中的营养。鞭毛虫有单独的、群体的(团藻虫属〔Volvox〕)、自由生活(眼虫属〔Euglena〕)或寄生的(锥虫属〔Trypanosoma〕)。寄生的类型在宿主的肠或血流中，许多其他鞭毛虫(腰鞭毛虫)跟浮游生物一样有的生活在海水里，有的生活在淡水中。 共5张 鞭毛虫
①自养性营养(或称植物性营养)，即体内有色素体，能行光合作用自己制造养料，如衣滴虫；
②腐生性营养，体内无色素体，借体表渗透作用摄取周围环境中呈溶解状态的有机物，如锥虫；
③动物性营养，以胞口等摄取或吞噬外界固体食物，如变形虫、草履虫等。另外，如绿眼虫等，尚有混合性营养方式，即在有光条件下，可行光合作用，自制养料；在无光条件下则进行腐生性营养。无性生殖的一般为纵二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖则为同配或异配生殖。分布极广，自由生活于淡水、海洋和潮湿的土壤中，少数营寄生生活，有些是人畜的病原体，如锥虫、利什曼原虫、毛滴虫等。约有2000余种，分2亚纲。
植鞭亚纲Phytomastigina都具有色素体，可行光合作用即进行植物性营养。淀粉及副淀粉是其主要的食物贮存物，有无性生殖和有性生殖，虫体通常具有2根鞭毛，体表为皮膜或纤维素细胞壁，自由生活。(如盘藻，扁眼虫，夜光虫，角鞭毛虫）
动鞭亚纲Zoomastigina没有色素体，行动物性营养或腐生性营养，糖元是其食物贮存物，不行有性生殖，有一到数根鞭毛，虫体表面只有细胞膜，除少数种类自由生活外，多数种类在多细胞动物体内营共生或寄生生活。（如管领鞭毛虫，原滴虫性，利什曼虫型，锥虫，披发虫）
共生：鞭毛虫生活在白蚁体内，白蚁喜欢吃各种木头，但白蚁没有消化木质纤维的酶，吃进去的木屑无法消化，生活在它肠内的鞭毛虫能产生分解木质纤维的酶，将木质纤维分解，供白蚁当作养料吸收，同时鞭毛虫也从中得到养料。如果把这两种生物分离，二者都不能独立生存。