食物环境卫生署以及康乐及文化事务署的前身，是由市政局及区域市政局管理的市政总署及区域市政总署。市政局及区域市政局于2000年1月1日，被当时的行政长官董建华以推行市政服务改革为由解散，市政总署及区域市政总署则合并并重组为食环署及康文署。
香港食物环境卫生署
过去百多年来，街头贩卖阻塞街道，造成滋援。自2000年1月1日起，食物环境卫生署肩负起管理小贩的责任。遇上街上的非法贩卖活动，食环署人员会执法行动，上前罪控。该署也会安排合资格的小贩迁进各区新建的公众街市（一般位于市政大厦），并不再为小贩发出新牌照，减少持牌小贩的街头贩卖活动。
食物环境卫生署约有3600名洁净组员工，为香港各区提供洁净服务，包括：清扫街道、收集垃圾、清理沟渠、清理粪便、清理海报等。
食物环境卫生署的食物安全中心负责监察进口食物、管制食用动物、执行有效的防治虫鼠工作，从而保障市民的食用安全和健康。
食物环境卫生署卫生教育展览及资料中心位于九龙尖沙咀九龙公园，于1997年5月17日正式启用。中心设有展览厅、户外卫生教育花园、参考图书馆和演讲室等设施，扩广环境卫生。
另外，传达资源小组隶属食物环境卫生署食物安全中心的风险传达组。小组的卫生督察经验丰富，透过各种途径传达卫生信息，提高香港的食物安全水平。
食物卫境卫生署还为市民提供火葬、殓葬遗体和骨殖服务，该署辖下有6个政府火葬场，分别位于港岛歌连臣角、九龙钻石山，以及新界富山、葵涌、和合石和长洲。
食物环境卫生署联同康乐及文化事务署、房屋署、渔农自然护理署、环境保护署、海事处及香港警务处六大部门，向违反公众地方洁净罪行之人士判处定额罚款1500港元（2003年6月26日之前为600元）。
与市民合力提升食物安全及公众卫生水平，使香港称誉国际，媲美世界级大都会。
确保在香港出售的食物安全和适宜食用，并为香港市民提供清洁卫生的居住环境。
正直诚信 忠实可靠
公平公正 不偏不倚
提高效率 增进效益
专业敬业 尽职尽责
积极回应 勇于承担
刘吴惠兰（2000年1月1日 - 2002年6月30日）
梁永立（2002年8月16日 - ）