魏良辅熟悉音律，初习北曲，因不及北人王友山，乃钻研南曲。他的家乡盛行弋阳腔，而他却厌鄙弋阳，为改变所处的艺术环境，于嘉靖年间（1522——1565年）来到了当时南戏北曲十分活跃的太仓，居住在太仓南码头（现太仓市南郊镇）。 昆曲博物馆魏良辅雕像
在当地驻军中，有很多人通晓音律，魏良辅常与他们切磋技艺和商讨乐理。这时，他结识了驻地的一位南曲专家、太仓卫百户过云适，常向他请教，每次度曲都要等到过认为满意了方肯罢休。他还请教从安徽寿州（今寿县）发配至太仓的善弦索、北曲的戏剧家张野塘。当时张正在军中服役，对魏的求教欣然应允，两人结为挚友。后来魏良辅将自己的女儿许配给张野塘。
以后，魏良辅在过云适、张野塘等人的协助下，吸收了当时流行的海盐腔、余姚腔以及江南民歌小调的某些特点，对流传于太仓昆山一带的戏曲唱腔进行加工整理，将南北曲融合为一体，既可使南曲“收音纯细”，又可命名北曲“转无北气”，从而改变了以往那种平直无意韵的呆板唱腔，形成了一种格调新颖、唱法细腻、舒徐委婉的“水磨腔”（昆腔）。它以清唱的形式出现，终于使昆腔在无大锣大鼓烘托的气氛下能够清丽悠远，旋律更加优美。 著作《南词引正》
同时，魏良辅对伴奏乐器也进行了改革。原来南曲伴奏以箫、管为主要乐器，为了使昆腔的演唱更富有感染力，他将笛、管、笙、琴、琵琶、弦子等乐器集合于一堂，用来伴奏昆腔的演唱，获得成功。魏良辅从此名声大振，被誉为“国工”、“曲圣”，乃至昆腔（南曲）“鼻祖”。
著有《曲律》（一名《南词引正》）一书，是论述昆腔唱法及南北曲流派的重要著作。
水磨腔的诞生过程
魏良辅有着较高的文学词曲修养，不但嗓音优美，而且娴通音律，酷爱唱曲艺术。他在熟谙南北曲的基础上，于嘉靖年间（1522—1566）来到经济发达、市镇繁华、歌舞场众多、南戏演出频繁的江苏太仓南码头（今南郊镇），长期苦心钻研流传于昆山一带的传统戏曲唱腔。 魏良辅画像
他不满足于南戏原有的声腔，联合了苏州洞箫名手张梅谷、昆山著名笛师谢林泉，在南曲专家过云适、北曲戏剧家张野塘等人的协助下，吸收了当时流行的海盐腔、余姚腔以及江南民歌小调的某些特点，对老昆（山）腔的传统戏曲唱法进行加工整理，把南北曲融为一体，一改以往那种腔调平直又欠意趣韵味的呆板唱腔，创造了一种格调新颖、委婉舒畅的崭新唱腔。
这种唱腔要求“启口轻圆、收音纯细”，讲究“转喉押调”、“字正腔圆”，唱出了“曲情理趣”，细腻得宛如苏州巧匠用木贼草蘸水研磨红木家具一样，故时人称之为“水磨腔”，又称“昆剧”、“昆曲”。