参见词条：议政王大臣会议、南北党争、南书房
清朝入关之后，议政王大臣会议权力仍然非常大。同时在内阁大臣中，南方与北方士大夫的党派之争仍然延续，党争与满洲贵族内部矛盾纠缠在一起。为了加强皇权，康熙帝于康熙十六年（1677年）设立南书房，康熙帝在翰林等官员中，“择词臣才品兼优者”入值，称“南书房行走”。[1] 入值者主要陪伴皇帝赋诗撰文，写字作画，有时还秉承皇帝的意旨起草诏令，“撰述谕旨”。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，[2] 所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”[3] 。
南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。康熙帝亲政以后，朝廷的权力一则受议政王大臣会议的限制，国家大事需经过议政王大臣会议，而这些满洲王公贵族地位较高，有时与皇帝意见发生矛盾，皇帝也不得不收回成命；二则内阁在名义上仍是国家最高政务机构，控制着外朝的权力，康熙帝为了把国家大权严密地控制在自己手中，决定以南书房为核心，逐步形成权力中心。
参见词条：清平青海之战
雍正五年（1727年），雍正帝准备对准噶尔部用兵，雍正七年（1729年）正式出兵。与此相配合，雍正帝设立军机处，协助他处理军务。军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，如怡亲王胤祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡、大学士鄂尔泰等，都是以亲重大臣兼任军机大臣。还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充。所有这些人都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行。因此，军机处设立之初，没有专门的官员。[4] 军机处没有正式衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。召见时，雍正帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决。军机大臣根据旨意，草拟文书。上谕形成后，不经过内阁，由军机处直接发给有关官员。 设立军机处的雍正帝