北京出入境检验检疫局依照《中华人民共和国进出口商品检验法》及其《实施条例》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其《实施条例》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其《实施细则》、《中华人民共和国食品卫生法》、《中华人民共和国认证认可条例》、《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》、《北京市食品安全条例》，负责北京地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理工作。
自成立以来，北京出入境检验检疫局本着“依法把关、监管有效、方便进出、管理科学”的原则，逐步形成了以出入境检验检疫行政执法为主体，以技术保障和技术服务为支持的检验检疫工作体系。
北京出入境检验检疫局机关内设14个处室，主要业务处有：法制与综合业务处、卫生检疫处、动植物监管处、检验监管处、食品监管处、通关处、认证监管处，并根据工作需要分别设立了首都机场出入境检验检疫局、丰台出入境检验检疫局、北京经济技术开发区出入境检验检疫局、顺义出入境检验检疫局、通州出入境检验检疫局、海淀出入境检验检疫局、北京朝阳口岸办事处、北京西站办事处、北京国际展览检验检疫办事处、天竺综合保税区检验检疫办事处和平谷检验检疫办事处。下属的检验检疫技术中心、国际旅行卫生保健中心、机关服务中心、动物隔离场、北京市检验检疫科学研究院等技术检测和服务单位，配合行政执法的需要，形成了全方位的出入境检验检疫监督管理体系。
北京出入境检验检疫局现有干部职工951人，拥有博士和硕士265名。全局本科以上学历人员843人，占职工总人数的88.6%。专业涉及到机械、电子、化工、纺织、食品、生物、植保、兽医、预防医学、临床检验、计算机等多种学科和门类。这些有着丰富经验和较高学术水平的专业技术人员充分发挥自身的技术专长，保证了检验检疫工作的顺利实施。为了更好地履行法律赋予的职责，北京出入境检验检疫局注重通过各种教育和培训，提高干部职工的政治素质和业务素质，提高法律意识、专业技术、管理水平和职业道德，培养和造就了一支思想过硬、作风优良、技术精湛、廉洁奉公的干部队伍，形成了“团结奋进、开拓创新、求真务实、无私奉献”的北京检验检疫精神，为首都检验检疫事业的发展奠定了坚实的基础。
北京出入境检验检疫局始终坚持“科技兴检”战略，紧扣检验检疫事业发展需求，大力加强科技建设，结合国际科技前沿技术发展情况，以前瞻性、突破性和带动性强的重大科研项目为着力点，建立了一批实用、有效的检测方法，打造了荧光定量PCR、生物芯片和纳米检测三大技术平台，为检验检疫行政执法提供强大的技术支持和保证。2001年至2009年，北京检验检疫局主持国家级科研计划项目8项，主持国家质检总局科研计划项目100项，主持北京市科委科研计划项目6项，主持国家质检公益性项目1项；主持制订国家标准51项，主持制定检验检疫行业标准136项。此外，还结合科研工作的需要，建立了博士后工作站，开展专项课题攻关。