华南虎的科学名称“Felis tigris var.amoyensis”是由德国动物分类学家“马克斯·希尔茨海默”(Max Hilzheimer)命名的。他研究产自中国南方汉口的五个虎头骨，其形状与孟加拉虎头骨略有不同，对华南虎头骨的分析表明，它们的形状不同于其他地区的虎头骨，认为这是一个虎的亚种。赫林顿(Herrington)在1987年认为华南虎是“干”虎的遗存种群，生活在可能的起源地附近。在分子分析的基础上，Luo等人于2004年，在一项系统地理学研究的结果表明，同意更新世虎辐射的中心很可能是中国南部——印度支那北部。[5] [6]
2017年，猫科研究专家组的猫科分类工作组将所有亚洲大陆虎种群归入虎类。然而，2018年发表的一项基因研究支持六个单系分支，华南虎与其他亚洲大陆种群不同，因此支持六个亚种的传统概念。[7]
19世纪初，美国自然学家卡德威尔到中国福建猎虎以制作标本，偶然在厦门岛内发现一种体型小于东北虎、毛色深浓、头部有“王”字斑纹的新虎种，遂向世界公布消息，并将之定名为“Amoyan Tiger”（厦门虎）。[8]
1905年，“厦门虎”被正式命名为“Panthera tigris Amoyensis”（华南虎）。据悉，根据国际生物学命名的规则，生物学名的第三个拉丁文名字必须是最早的采集地，华南虎学名“Panthera tigris amoyensis”中的亚种的名称“amoyensis”就是amoy（厦门）的拉丁化名词，这是因为华南虎最早被发现于厦门岛而定名的。厦门有17条路以“虎”为名。[9] [9]
遗传分析表明，华南虎作为一个物种可能在大约320万年前开始进化。它现存的近亲是雪豹，而美洲虎、狮子和豹子的亲缘关系更远。华南虎可能从中亚某处向外辐射。如前所述，华南虎可能是该物种现存最早的变种之一。华南虎是中国特有且历史最悠久的虎种，曾经遍布中国。中国被认为是现代虎种的故乡，早在200万年前，华南虎以华南区域为中心，沿着两个主要方向扩散：一路沿西北、东北方向的森林和河流系统迁徙，进入东北亚和中亚地区，形成了东北虎和里海虎（已灭绝）等亚种。一路沿南和西南方向进入东南亚及印度次大陆，一部分最终进入印度尼西亚群岛，形成了中国的华南虎和孟加拉虎、印度支那虎、苏门答腊虎、爪哇虎（已灭绝）、巴厘虎（已灭绝）等亚种。[8] [15]