1850年秋，洪秀全为发动起义，夺取政权，命各地“拜上帝会”会众到广西桂平金田村“团营”，编组训练，开始建军。
1851年（太平天国辛开元年-清咸丰元年）1月11日金田起义后，正式成军。太平军信仰上帝教，汲取和融会了中国古代农民平均主义和西方基督教教义中的平等思想，以推翻清朝，实现天下一家、共享太平为理想。初起时仅陆营单一兵种，2万人左右。
1852年夏建立土营。1853年建立水营。定都天京（今南京）后，陆营编制95个军，水营9个军，土营2个军。实际能战之兵总数为10万～15万人，最盛时号称百万。太平军以天王洪秀全为最高统帅。初期，实行五军主将制度：以杨秀清为中军主将，萧朝贵为前军主将，冯云山为后军主将，韦昌辉为右军主将，石达开为左军主将。不久，设辅佐天王管理全军的正、又正、副、又副军师，以各主将分任，唯石达开未封军师。
1851年在永安（今蒙山）封各主将为东、西、南、北、翼五王，建立军政合一体制。声明各王俱受东王节制，杨秀清遂成为全军实际统帅。1856年天京内讧后，五军主将制实亡，天王授石达开为通军主将，指挥全军。旋因石达开带兵出走，由天王自任军师，统辖全军。
1858年恢复五军主将制，并增设掌率制，以蒙德恩任中军主将正掌率，统率全军；陈玉成为前军主将又正掌率；李秀成为后军主将副掌率；韦志俊为右军主将；李世贤为左军主将，洪秀全自兼军师。
1859年，以干王洪仁_为精忠军师，总理军政。后又设靖东、平西、定南、征北四方主将。各主将地位、职权远不如前期崇隆。
1861年后，因滥封王爵，指挥体系变得十分繁杂，机构日趋臃肿，征伐都由诸王领军。
1863年（太平天国癸开十三年清同治二年）7月起，以忠王李秀成为真忠军师，统率全军。太平军仿《周礼・夏官》之制，按“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军”的制度编组。以军为基本单位，军设军帅，下辖师、旅、卒、两、伍，分设师帅、旅帅、卒长、两司马、伍长。按《太平军目》，一军有军官（自两司马至军帅）656人，伍长2500人，圣兵（伍卒）10000人，共13156人，但实际上都不满员。军帅以上，依次设监军、总制、将军、指挥、检点、丞相各级官职，平时居朝内分任政务，战时可分领一军或数军出征作战。除正职官兵外，各军另有经办军需、文书诸务的典官数十名及下属若干办事人员。太平军兵员多半来自农民和矿工、会党等社会下层群众，也有不少清军降卒。阖家投奔者，壮男编入战斗部队，妇女编入女营，儿童则分置各军各馆，称童子兵。女营编制与陆营略同，但不设师、旅。女营主要从事一般体力劳动，间或也协助守城作战。