万历三十八年十二月二十四日（1611年2月6日），朱由检生于北京紫禁城慈庆宫，是当时的皇太子朱常洛的第五子。[10] [11] 他的母亲淑女刘氏（孝纯皇后）不受宠，朱由检五岁那年，刘氏在受到朱常洛的责骂后死去。朱由检便由李选侍（西李，后封康妃）抚养。不久，李选侍生下皇女，无暇抚养朱由检，朱由检便改由另一名李选侍（东李，后封庄妃）抚养（一说移宫案后由东李抚养）。[12] [13] 朱由检复原画像（狐周周绘）
万历四十三年（1615年）五月初四日，有个叫张差的人手持木梃闯入朱常洛的居所慈庆宫，很快就被制服，是为梃击案。出身东林党的官员们认为这是郑贵妃在背后指使，张差在受到三法司审问时也供认是受郑贵妃的宦官庞保、刘成指使进宫。在群臣的一再施压下，多年深居宫中、不见群臣的明神宗朱翊钧为了堵住东林党之口，于五月二十八日早晨亲自到慈宁宫祭拜孝定李太后，接着与朱常洛一起召见大臣，并将三名皇孙（朱由校、朱由楫、朱由检）和一名皇孙女从左右阶下引到石级上来，令群臣熟视，以表明自己绝无易储之意。在这次召见上，朱翊钧还将擅自出班发言“皇上极慈爱、太子极仁孝”的御史刘光复当众拿下，施以廷杖。随后，梃击案以处死张差、庞保、刘成三人告一段落。[14] 这次召见也是朱由检第一次公开亮相，据说他当了皇帝后召见群臣时要求锦衣卫随时准备拿人就来源于这次童年经历。[15]
万历四十八年（1620年），朱由检的祖父朱翊钧、父亲朱常洛相继去世，兄长朱由校即位。朱由检作为朱由校唯一在世的弟弟，于天启二年（1622年）九月二十二日被册封为信王。[16] 但朱由检并未立即出阁，而是住在紫禁城慈庆宫后面的勖勤宫。[13]