科技司作为政府部门内设机构，主要负责所属领域的科技发展规划与政策实施。例如，工业和信息化部科技司组织拟订行业技术规范标准，指导重大科技专项落地[1] ；农业农村部科学技术司起草农业科技政策，推动农业技术集成示范[3] 。2023年机构改革后，社会发展领域科技职责划入国家发展改革委，强化科技司在专业领域的统筹作用[4] [5] 。
根据2023年党和国家机构改革方案，科技部将农业农村发展规划职责划入农业农村部，相关科技司职能调整[4] [5] 。调整后，科技部保留基础研究、国家实验室建设等核心职责，其内设机构优化为办公厅、战略规划司、政策法规与创新体系建设司、资源配置与管理司、科技监督与诚信建设司、重大专项司、基础研究司、高新技术司、农村科技司、社会发展科技司、成果转化与区域创新司、外国专家服务司、引进国外智力管理司、国际合作司（港澳台办公室）、人事司等内设机构[6] [7] 。
截至2025年，科技司通过部际协作推动跨领域科技创新。农业农村部科学技术司与中国科学院联合开展农业关键技术攻关[3] ，工业和信息化部科技司组织拟订工业和信息化领域科技发展战略、规划和政策；组织拟订行业技术规范和标准，指导行业质量管理工作；组织实施行业技术基础工作；组织重大产业化示范工程；组织实施有关国家科技重大专项，推动技术创新和产学研相结合；指导科技服务业、技术市场、科技中介组织发展[1] 。改革后的科技司强化项目资金监管，完善科技评估与诚信体系建设[2] 。
科技司人员编制规模依据所属部门差异较大。科学技术部机关行政编制为364名（截至2018年数据）[2] [7] ，而农业农村部科学技术司通过动态调配保障农业科技项目管理需求[3] 。