第一部
海克力士学院～传说的序章篇
第一代金肉人，就任王位之后28年。原本持续著没有战争的和平日子的地球，突然遭到恶行超人们袭击。罗宾假面等传说超人们，为了阻止恶行超人而站起来了。然而，完全上年纪的传说超人们，无力和年轻的恶行超人对抗。
于是，为了培育能和恶行超人对抗的年轻正义超人，决定恢复成立正义超人养成学校——“海克力士学院”。金肉人的儿子金肉万太郎，及其他传说超人的儿子们，陆续地被送到海克力士学院去。
恶魔工厂篇
万太郎们经过严苛的训练，平安地自海克力士学院毕业。作为派驻日本的超人而前往地球，和“恶魔工厂”的恶行超人对抗。相隔28年的正义——邪恶超人摔角决战开始。在那里有传说超人罗宾假面的儿子-凯文假面的身影。
新世代超人一期生・二期生替换战篇
恶魔工厂毁灭之后，万太郎们忽略执行例行任务，正懒散的生活着。惹来了委员长大怒。
第二届的新世代超人毕业生，以驻守日本的权利为赌注，跟第一届的万太郎等人挑战。
海克力士学院一期生、二期生之间的对抗开始。
火场爆发力修行篇
经过数场死斗，身体变得狼狈不堪的新世代超人万太郎。身为金肉星下任大王继承者，为了学会真正的火场爆发力，要跟“目中无人者”三人组交战。
复活的超人奥林匹克篇
传说庆典“超人奥林匹克运动会”，暌违三十四年后再度复活。
辛苦打败农村人，称霸日本预赛的万太郎，与泰利小子和凯文一同挑战正式大赛！
恶魔的种子篇
超人奥运后三个月，万太郎沈浸在败北的失意中，失去踪影。另一方面，冲绳与那国岛的海底突然出现神秘遗迹，米特急忙赶去。诡异的恶魔之手从米特背后接近……正义超人又遭遇新的危机，万太郎究竟身在何方？
第二部
究极的超人双打篇
正义超人
新世代偶像超人
海克力士学院(Hercules Factory)
一期生
笨蛋队（team-AHO）
金肉万太郎(Mantaro Kinniku)(キン肉万太郎 Kinniku Mantarō)
泰利小子(Terry the Kid)(テリー・ザ・キッド Terī Za Kiddo)
海象人(Seiuchin)(セイウチン Seiuchin)
瞪羚人(Gazelleman)(ガゼルマン Gazeruman)
二期生
杰德(Jade)(ジェイド Jeido)