1949年9月，在中国人民政治协商会议第一届全体会议制定《中央人民政府组织法》的过程中，周恩来指出：我们国家的名称，叫中华人民共和国，而不叫联邦。我们虽然不是联邦，但却主张民族区域自治，行使民族自治的权力。这次全体会议通过的《中国人民政治协商会议共同纲领》规定：“各少数民族聚居的地区，应实行民族的区域自治。”这是以临时宪法的形式，确立了新中国的民族区域自治制度。这一时期，民族自治地方统称为“民族自治区”。“民族自治区”从名称上与后来相当于省一级的自治区相近，但它们之间有着内涵性区别。统称“民族自治区”，主要是对新中国成立之前建立的民族区域自治地方行政区域称谓的继承与延续，也源自于新中国关于民族自治地方的法制状况。
1951年2月初，《民族区域自治试行通则（草案）》将“民族自治区”划分为相当于大行政区、省、专区、县、区和乡等6个层级。11月5日，中央人民政府委员会第十三次会议批准《中央人民政府任免国家机关工作人员暂行条例》，将中央人民政府任免国家机关工作人员涉及的“民族自治区”划分为省级以上和省级以下，省级以下有相当于专员公署的和相当于县的。
1952年2月22日，政务院第一二五次政务会议通过《民族区域自治实施纲要》，规范并推动“民族自治区”的建立，其中根据各少数民族聚居区的民族关系、经济发展条件和历史情况，正式将“民族自治区”的行政地位划分为相当于乡（村）、区、县、专区或专区以上等5个行政层级。
1954年，《宪法》颁布，民族自治地方划分为“自治区、自治州和自治县”三级。相当于县一级的“民族自治区”，依其行政地位一般改称为自治县。同时，全国少数民族聚居区依此新建了一些民族自治地方。[1][2]