清末，因境域有莲花泡，称莲花泡屯，后简称莲花。
民国元年（1912年），属方正县、依兰县，后属方正县第六区、依兰县第五区。
民国三十五年（1946年），划归勃利县。
民国三十六年（1947年），划归刁翎县三道通区。
民国三十七年（1948年），设莲花区。
1949年，莲花区并入三道通区，属林口县。
1956年4月，设字砬子乡。
1957年，字砬子乡并入三道通乡。
1958年，三道通乡改为奋斗公社。
1961年，析置莲花公社。
1984年，公社改乡。
1997年5月，乡改镇。[1]
2011年，莲花镇下辖莲花、江西、新富、字砬子、新民、柳树河子、大发、东河、东柳9个行政村，下设80个村民小组，共有3个自然屯。[1]
截至2019年10月，莲花镇下辖9个行政村：江西村、柳树村、莲花村、东河村、东柳村、字砬子村、新富村、大发村、新民村。[3] 镇政府驻莲花村。[1] 莲花镇政府
莲花镇位于林口县西北部、牡丹江下游，东南与古城镇相连，南、西南与海林市三道河子镇接壤，西北与三道通镇相邻，东北与建堂镇毗邻。[1] 区域面积为420.98平方千米。[2]
林口县莲花镇政府
莲花镇地处山区，地势南高北低，由南向西北倾斜。地形以山地为主，小部分属牡丹江河谷平原。[1]
莲花镇境内河道属牡丹江水系，牡丹江从南至北流经境域莲花、江西、东柳等8个村，境内长26.24千米，沿途汇集小夹皮沟河、八家子河、东兴河、东柳河6条支流。[1]
莲花镇境内地下矿藏有石英、云母、水晶、泥炭等，森林的树种有红松、白松、白桦、杨树、榆树、柞树、椴树等，野生动物有狐狸、野猪、獾子、貉子、狍子、兔、雉、花尾榛鸡等10余种，药用植物有人参、黄芪、五味子、刺五加等，山林特产有木耳、猴头、元蘑、松子等。[1]
莲花镇因地处山区与河谷平原交错地带，区域性小气候显著，干旱、洪涝、冰雹、霜冻等自然灾害时有发生。每年春季易发生旱灾，夏季7至8月份易发生洪涝灾害。1991年发生大洪水，全镇大面积农田和房屋被淹。镇域属冰雹多发区，几乎每年都遭受冰雹侵袭。[1]