萨迦寺名中的“萨”藏语意为“土”，“迦”藏语意为“灰白色”，“萨迦”意即“灰白土”。因本波山腰有一片灰白色岩石，长年风化如土状而得名。萨迦寺分为南、北两寺，仲曲河横贯于两寺之间，北寺位于河北岸的本波山“灰白土”山岩下，南寺位于河南岸的平坝之上。
1073年（北宋熙宁六年），吐蕃贵族昆氏家族的后裔昆·贡却杰布（1034年－1102年）发现本波山南侧的山坡上，土呈白色，带有光泽，呈现瑞相，即出资兴建寺院，后来被称为“萨迦阔布”，但十分简陋，这便是萨迦北寺的前身。此后逐渐形成了萨迦派。萨迦寺采用象征文殊菩萨的红色，象征观音菩萨的白色，象征金刚手菩萨的青色涂抹寺墙，故萨迦派又俗称“花教”。[2]
萨迦派采用血统传承和法统传承两种传承方式。贡却杰布圆寂之后，其子贡噶宁布（1092年－1158年）主持萨迦寺。贡噶宁布学识广博，使萨迦派教法趋于完备，故被尊称为 “萨钦”（萨迦大师），成为萨迦派初祖。贡噶宁布的次子索南孜摩为萨迦二祖。三子扎巴坚赞主持萨迦寺57年，为萨迦三祖。四子贝钦沃布的长子萨班贡噶坚赞（1182年－1251年），简称“萨班”，或“萨迦班智达”，为萨迦四祖。
萨迦寺全寺共有40多个建筑单元，规模宏伟。1073年（北宋熙宁六年），贡却杰布初建“萨迦阔布”，即萨迦北寺的前身，当时北寺规模很小，结构十分简陋。贡嘎宁布对萨迦北寺的修建作出重要贡献，创建了“拉章夏”作为修法之所，随后修建了“古绒” 建筑群，由护法神殿、塑像殿、藏书室组成。萨迦北寺的主要建筑“乌孜宁玛”大殿也是贡嘎宁布创建，经其子索南孜摩、扎巴坚赞等人扩建，后来又加金顶。
元朝时，在该大殿西侧又兴建了一座八根柱子的配殿，俗称“乌孜萨玛殿”。后来历代萨迦法王先后在山坡上扩建萨迦北寺，增建了不少建筑，形成了逶迤重叠的萨迦北寺建筑群。
14世纪以后，由于宗教活动中心逐渐转移至萨迦南寺，北寺不再有大规模建设。
1950年代已有许多建筑坍塌，1960年代又受到人为破坏，大多数建筑仅存残垣断壁，只有贡康努、拉章夏、仁钦岗等少数建筑在20世纪末至21世纪初获得修复。萨迦南寺经过多次扩建及修缮，形成了规模宏伟的建筑群，平面呈方形，有高墙环绕，总占地面积14760平方米。萨迦南寺城墙内最早的建筑为拉康钦莫（大佛殿）。
萨迦寺远景
1961年，萨迦寺被中华人民共和国国务院确定为第一批全国重点文物保护单位。文化大革命期间，萨迦寺遭到严重破坏，萨迦北寺变成一片废墟。改革开放后，萨迦寺逐步获得修复。21世纪初，国家将萨迦寺、布达拉宫、罗布林卡共同列为西藏自治区“三大重点文物保护维修工程” ，成立了萨迦寺文物保护维修工程指挥部，负责维修工程的全面工作。