东汉光武帝建武元年（25年），各地商船经过马尾来往福州，开始了水上贸易，马尾一带人口渐繁。
五代，闽王王审知发展对外贸易，初步开拓了马尾港。
明宪宗成化十年（1474年），市舶司从泉州移设福州，琉球商人纷纷经马尾赴榕，马尾港的地位更为突出。
清道光二十年（1840年），鸦片战争爆发，中国被迫开辟五口通商。福州是五口之一，各国兵商船来福州均停泊于马尾港。同治五年（1866年），洋务派在马尾创办船政，聘法国人建厂制造轮船，同治六年（1867年），创办船政学堂，马尾成为中国近代科技队伍萌生和形成的基础。光绪十年（1884年）8月23日，马尾爆发了中法海战。
民国初，马尾叫马江镇，属林森县第二区，设马江镇公所。
1949年8月16日，中国人民解放军第十兵团第三十一军全歼马尾港守敌，宣告马尾区解放。
1951年，设马尾镇人民政府，属闽侯县第三区公所。
1982年8月28日，设马尾区。[7]
民国二年（1913年），马尾设镇，称马江镇。
民国二十四年（1935年），设区，马尾地区为闽侯县第二区。
民国二十八年（1939年），区署在闽安镇。
民国三十一年（1942年），属鼓山区，区署在魁岐乡。
民国三十四年（1945年），亭江、闽安合设为镇，称闽亭镇；琅岐设乡，称嘉登乡。马江镇、闽亭镇、嘉登乡各设乡（镇）公所。直至1949年福州解放。
1949年9月，马尾、亭江、琅岐归属闽侯县人民政府第三区公所；同年12月，析第三区嘉登（琅岐）乡为闽侯县人民政府第二区公所。
1951年，马尾镇设镇人民政府，隶属第三区公所。
1952年下半年，组建马尾特别区（又称闽江港口特别区），甲等县建制。