阿方索接受了完整的全人教育，他的第一位家庭教师是朱尼亚诺·迈奥，接着是佛罗伦斯诗人拉法埃莱·布兰多里尼。 阿方索从小就参与了袭击那不勒斯王国的各种危机，1495年，法国占领期间，他的父亲被迫逃亡，并在西西里去世。14岁的阿方索，为此与他的同父异母兄弟斐迪南争夺王位，他的兄弟虽然最后继承了王位但在隔年去世。1497年，在阿拉贡王国的控制下，他的叔叔那不勒斯的弗雷德里克继承了王位，阿方索在此时被分配到第一个职责，成为阿布鲁佐的中将[2] 。
他是我在罗马见过最美丽的青年 - 编尼史家塔里尼（Talini）[3]
为了加强与那不勒斯的联系，教宗亚历山大六世安排了阿拉贡皇室与波吉亚家族的婚事。阿方索的姐姐，阿拉贡的桑查已在1494年被许配给教宗最小的儿子杰弗里·波吉亚了。 在教宗的构想理，他期望将他的儿子凯撒·波吉亚许配给那不勒斯的卡洛塔，那不勒斯的弗雷德里克与萨伏依的安妮的女儿，但卡洛塔并不同意这门婚事。为了安抚教宗的愤怒，弗雷德里克国王最后答应让时年17岁的阿方索与教宗的女儿，当时18岁并有过一段婚姻的卢克雷齐娅·波吉亚结婚。
1498年7月15日，阿方索隐藏自己的身份进入罗马，他与卢克雷齐娅的婚礼于7月21日在梵谛冈举行，他们的婚礼及庆祝都是不公开的[4] 。阿方索获得比谢列、萨莱诺等领地，卢克雷齐娅则获得了40,000杜卡特作为嫁妆。作为婚姻协议的一部分，他们必须在婚后待在罗马至少一年且在教宗死去之前都不能强迫卢克雷齐娅搬去那不勒斯。
根据史学家斐迪南·格雷戈罗维乌斯的描述，年轻的阿方索是个正直且和蔼可亲的，整个王国从没出现过这么英俊的人。 许多的证据皆显示，卢克雷齐娅是真的很喜欢他。 据说在1499年1月卢克雷齐娅失去了她与阿方索的孩子，但很快的她又怀孕了[5] 。
随着政治情势的变换，教宗亚历山大六世寻求与阿方索家族的敌人—法国建立同盟，这个决定促成凯撒·波吉亚与纳瓦拉国王胡安三世的姐姐阿尔布雷特的夏洛特结婚。当法国计划入侵那不勒斯时阿方索深感受到背叛，并在1499年8月2日丢下他怀孕6个月的妻子离开罗马。他的逃离激怒了教宗并派遣部队去追捕他，但是没有所获。于此期间，卢克雷齐娅被授予斯波莱托的执政官头衔，这意味着阿方索变成一个没有职称的配偶。 阿方索在逃期间秘密地送信给他的妻子，试图说服她前去杰纳扎诺加入他，但是他与卢克雷齐娅私下书信往来的事最终被发现了，卢克雷齐娅的家人命令她引诱阿方索回到罗马，之后他们在内皮见面并在1499年9月回到梵蒂冈。 卢克雷齐娅在1499年11月1日产下他们的孩子，与她父亲同名的阿拉贡的罗德里哥[6] [7] [8] 。