1950年5月19日，成立中国科学院近代物理所，吴有训兼任所长，钱三强任副所长，所址在北京东皇城根甲42号。
1953年10月6日，中国科学院院务会议决定将近代物理所更名为中国科学院物理研究所。
1958年7月1日，更名为中国科学院原子能研究所，中国科学院物理研究所（中关村）为一部，在京郊房山坨里建立新的研究基地为二部。
1973年2月1日，根据原中华人民共和国第二机械工业部、中国科学院《关于高能物理研究和高能加速器预制研究的报告》，在原子能研究所一部的基础上成立“中国科学院高能物理研究所”。
1985年1月11日，中国科学院批准试行博士后研究制度。
1996年1月16日，中国科学院高能物理研究所成立宇宙线与高能天体物理开放实验室。
2001年4月6日，中国科学院高能物理研究所进入知识创新工程二期试点。[3]
2015年3月，中国科学院粒子加速物理与技术重点实验室成立。[4]
2022年4月，中国科学院高能物理研究所获批成立“国家原子能机构核技术（核探测与核成像）研发中心”。[5] 共5张 中国科学院高能物理研究所园区风光
据2023年11月研究所官网数据，中国科学院高能物理研究所共有职工1400余人，其中专业技术人员1200余人，包括中国科学院院士6人、中国工程院院士2人，国家杰出青年科学基金获得者等领军人才及高层次研究骨干近百人，18人在国际科学组织和学术刊物中担任重要职务。[2]
中国科学院院士（专职）：李惕碚、张宗烨、陈和生、柴之芳、王贻芳、赵宇亮、唐孝威
中国工程院院士（专职）：叶铭汉、陈森玉[6]
国家杰出青年科学基金获得者：吕才典、常哲、张新民、沈肖雁、王建民、王贻芳、胡红波、邢志忠、高杰[7]
据2023年11月研究所官网数据，中国科学院高能物理研究所建有2个国家重点实验室，1个卓越创新中心，3个中国科学院重点实验室，1个北京市重点实验室；下设7个研究单位，并在广东东莞设有分部。[2]