（一）办公室（人事教育科）
负责机关日常运转工作。承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。承担机关和直属事业单位的干部人事、机构编制工作，组织指导水利行业人才队伍建设。负责机关和直属单位的党群工作。负责机关和直属事业单位离退休干部工作。
（二）规划建设科
拟订水利规划，组织编制权限内水利综合规划、专业规划和专项规划，审查权限内水利基本建设项目建议书、可行性研究报告，审批权限内水利建设项目初步设计。组织指导有关防洪论证工作。组织指导水利建设项目合规性审查工作。组织实施中央、省级和市级水利建设投资计划，承担水利统计工作。组织指导全市水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，组织指导中小河流堤防、中小型病险水库、中小型水闸的除险加固。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。组织权限内水利工程验收有关工作，指导县（市）、区中小型水利工程验收工作。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施权限内水利工程质量和安全监督。负责全市水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。
（三）河湖及工程管理科（水旱灾害防御科）
组织指导全市水域及其岸线的管理和保护，组织指导江河湖泊、河口、滩涂的开发、治理和保护，组织指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，组织指导河道采砂规划和计划的编制并监督实施，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。组织指导监督水利工程安全运行，指导监督水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，组织指导水库、大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。组织编制全市洪水干旱防治规划并指导实施，执行有关防护标准、组织编制权限内江河湖泊和水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
（四）农村水利和水土保持科
组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电扩容增效改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导全市农村水利社会化服务体系建设。协调牧区水利工作。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，审核权限内有关开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（五）河湖长制工作科
承担全市河湖长制组织实施具体工作，组织编制工作方案、计划和考核目标，组织拟订管理制度和政策研究，监督工作落实，组织实施考核，协调有关部门处理相关问题和纠纷。组织落实市总河湖长和市级河湖长会议确定事项。
（六）水资源综合管理科（法规科）
承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，组织指导开展水资源有偿使用工作。组织指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量管理。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查评价有关工作，组织编制并发布水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。组织节水技术引进和科技推广，监督并组织实施水利行业技术标准、规程规范，并承办国境河湖涉外有关事务。起草有关规范性文件，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办水利营商环境监督管理工作。承办行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨县（市）、区水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。负责全市水行政执法人员的业务培训工作及水利法规宣传工作。