1.办公室（代表委员联络部）。负责机关文电、会务、机要、档案、保密等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。承担综合性绩效考核相关工作。起草审核相关文件文稿，处理检察信息。负责领导同志批办事项督查工作。负责人大代表、政协委员联络工作和特约检察员联系工作。组织指导人民监督员工作。
2.第一检察部。负责对法律规定由南充市人民检察院办理的除第二、三检察部承办案件以外的刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理南充市人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
3.第二检察部。负责对法律规定由南充市人民检察院办理的危害国家安全、公共安全犯罪，故意杀人、抢劫、毒品等犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理南充市人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
4.第三检察部（互联网检察部）。负责对法律规定由南充市人民检察院办理的市监察委员会移送职务犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关审判监督以及相关案件的补充侦查；负责对法律规定由南充市人民检察院办理的破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理南充市人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
5.第四检察部。负责对监狱、看守所和社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，羁押必要性审查。办理罪犯又犯罪案件。负责对法律规定由南充市人民检察院办理的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正犯罪，以及按照刑事诉讼法规定需要由人民检察院直接受理的其他重大犯罪案件的侦查。
6.第五检察部。负责办理向南充市人民检察院申请监督和提请抗诉的民事、行政案件的审查、抗诉。承办对市中级人民法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督。开展民事支持起诉工作。办理南充市人民检察院管辖的民事、行政申诉案件。
7.第六检察部（生态环境资源检察部）。负责办理法律规定由南充市人民检察院办理的破坏生态环境和资源保护、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的民事公益诉讼案件，生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件，侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件。负责对市中级人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理南充市人民检察院管辖的公益诉讼申诉案件。