1、贯彻执行《中华人民共和国食品卫生法》、《中华人民共和国传染病防治法。中华人民共和国母婴保健法》等法律、法规和规定，并依法进行监督，履行行政监督职能。
2、组织对重大疾病的综合防治；组织指导全区健康教育活动。
3、组织协调全区公共卫生监督执法工作；负责食品、职业卫生、放射、学校、公共场所、饮水等的卫生监督管理工作；组织实施食品等与健康相关的质量管理，负责预防性体检、卫生检测等相关机构的资质考核认证工作。
4、贯彻执行有关妇幼卫生保健工作的政策、法律、法规，依法进行监督管理；负责制定全区有关妇幼卫生、妇女、儿童工作的发展规划、政策措施并组织实施；对全区妇幼卫生的各项工作实施宏观管理和质量监督员；负责妇幼保健、助产技术服务机构和人员的准入，负责监督托幼园所的卫生保健工作。
5、负责公共卫生行政执法案件听证、诉讼工作。
1953年1月26日，政务院第167次政务会议批准在全国范围内建立卫生防疫站。
为了与国际接轨，同时中国实行疾病控制与卫生监督体制改革，由于职能的变化，各级卫生防疫站在2002年开始，陆续分离出卫生监督所（局）后， 改称为 疾病预防控制中心 （CDC）。至2004年，全国各地各级卫生防疫站基本完成更名，除少数行业系统仍保留该名外，已不再使用。