自16世纪晚期，哈扎拉人在波斯萨法维帝国的史书中和印度莫卧儿帝国开国君主巴卑尔的回忆录中开始出现，被描述为居住在喀布尔以西到古尔省，南到加兹尼省这个地区。
自从18世纪中叶现代阿富汗国家形成，哈扎拉人就屡屡受到阿富汗最大的民族普什图人的迫害，很多人从各个地方被迫逃到阿富汗中部山区。这个地区被叫做“哈扎拉贾特”。哈扎拉贾特山区以巴米扬为中心，横跨阿富汗的多个省份，占阿富汗领土的三成。在普什图人多斯特·穆罕默德·汗统治的巴拉克扎伊王朝里，居住在哈扎拉贾特的哈扎拉人被课以重税。但这段时期哈扎拉人还得以部分的地方自治。到了他的孙子阿卜杜尔·拉赫曼·汗任埃米尔的时期，由于一些哈扎拉人支持阿卜杜尔·拉赫曼的叔父，被阿卜杜尔·拉赫曼用军事手段镇压。
1893年哈扎拉人再次反叛，并出其不意收复了哈扎拉贾特的大部分地方，但因弹尽粮绝最终再次被阿卜杜尔·拉赫曼镇压。这段时期，半数的哈扎拉人被杀死，很多哈扎拉人的财产被普什图人抢走，以至于被迫流落在各个大城市内寻找谋生之路。阿卜杜尔·拉赫曼对哈扎拉人的残暴统治造成了后世哈扎拉人和普什图人之间长期的民族仇恨。 哈扎拉人基什特曼德曾于苏联侵阿期间任总理
1940年在穆罕默德·查希尔·沙赫的统治下，阿富汗政府对哈扎拉人加税，同时普什图人免税并可以从政府拿到补助，这使得哈扎拉人再次反叛。在政府镇压了这个反叛之后，去掉了这个新税。1979年苏联侵占阿富汗之后，哈扎拉人没有像其他民族一样强烈抵抗，而是自己内部各派互相争斗。最终受到伊朗支持的宗教武装战胜了世俗武装，取得了哈扎拉贾特的控制权。在苏军撤退之后，哈扎拉人分成两派，分别支持和反对拉巴尼政府。在1996年塔利班占领喀布尔之后，哈扎拉人团结一致，和北方联盟联合。但在1998年哈扎拉贾特被塔利班占领，大量哈扎拉人被普什图人为主的塔利班杀害。
哈扎拉人希玛·萨马尔，阿富汗独立人权委员会主席。2001年美国遭到9.11袭击事件之后，因为认为塔利班庇护基地组织，美国出兵阿富汗，打败了塔利班。哈扎拉人得到前所未有的权利，包括接受高等教育、参军等。哈扎拉人哈吉·穆罕默德·马哈吉吉还参加了2004年的阿富汗总统选举。
有些学者经考察认为：阿富汗的哈扎拉人是蒙古族的后裔，尽管他们已经不会讲蒙古语，也不使用蒙古族姓名，但他们最早的来源的确是蒙古人。哈扎拉人主要居住在阿富汗的哈扎拉贾特山区，此外，在喀布尔，坎大哈、赫拉特、楠格哈尔、巴达赫尚等省，也散居着一些哈扎拉人。哈扎拉人居住的房舍与传统的蒙古包一样，还是圆形的。 图中蓝色区域为哈扎拉人居住地区
“哈扎拉”是波斯语，意为“一千”。有些学者认为，哈扎拉是成吉思汗及其后人西征后在阿富汗留下的驻屯兵的后裔。早在13世纪上半叶，蒙古军队占领波斯和中亚一些地区后，就留归镇守官统辖，并留下少量军队驻屯。后来，成吉思汗之孙蒙哥又以千户为单位派遣驻屯军到这里，这些军人的后代就留了下来，与当地的波斯人、塔吉克人、突厥人通婚，融合、繁衍、发展。于是，“哈扎拉”就成了他们的称呼，意指“千户”的后裔。