父亲弗里德里希·海德格尔在当地镇上的天主教教堂任司事，母亲也是天主教徒。在天主教教会的资助下1903-1906年到梅斯基尔希以南50公里外的康斯坦兹读中学，为将来的牧师职业作准备，1906-1909年在弗莱堡的文科学校上学。在这六年里他学习了希腊文，此后，除战争年代外，他每日必读希腊原著。他还学习了拉丁文。 马丁·海德格尔
1907年，海德格尔暑期回家度假时，从康斯坦兹三一教堂的神父那里借到F.布伦塔诺的著作——《论亚里士多德以来存在者的多重含义》，对存在意义的问题产生兴趣，成为他毕生哲学事业的起点。
1909年进入弗赖堡大学，前两年主攻神学，辅以哲学，1911年他决定放弃牧师的前程而专攻哲学，跟随胡塞尔潜心研究现象学。1913年夏在施耐德（Arthur Schneider）的指导下完成了博士论文《心理主义的判断学说》。在弗莱堡期间曾为当时德国著名哲学家E.胡塞尔的学生，还曾参加新康德派哲学家里科（Heinrich Rickert）指导的研究班，从而深受价值哲学的影响。获得博士学位后不久，第一次世界大战爆发。1914年8月他应征入伍，但两个月后即因健康欠佳退伍。1915-1917年在弗莱堡从事军邮工作，1915年夏他以题为《邓·司各脱关于范畴的学说和意义的理论》的论文获讲师资格。
1916年4月，胡塞尔受聘到弗莱堡大学继承里科的讲座。于是海德格尔得以亲聆胡塞尔的指教。那时他白天在邮局工作，晚上则在大学里听课或讲课。1917年海德格尔与艾弗里德（Elfride Petri）结婚。婚后再次应征入伍，在西线战场服役。1918年从战场回来以后，海德格尔正式成为胡塞尔的助教。1922年在胡塞尔的帮助下，受聘于马尔堡大学任哲学教授。
在马堡时期，海德格尔开始撰写他的主要著作《存在与时间》，1927年2月，《存在与时间》正式印行，一是在《现象学年鉴》第八卷上，二是作为单行本。这本书奠定了他一生哲学活动的基础，被视为现代存在主义哲学的重要著作，他因此而声誉鹊起。半年后，柏林颁发了正教授职称。
1928年胡塞尔退休，他被胡塞尔推荐为弗赖堡大学哲学教席的继承人。后来创立了自己的哲学——存在主义。1929年海德格尔辞去马堡的席位，回到弗莱堡大学继承胡塞尔的哲学讲座。30年代以后，他与胡塞尔之间的关系日趋冷淡并最终破裂。1933年初，在德国出现了纳粹的法西斯专政。此后5年间，德国大学教师被解雇受迫害的有2800人，但海德格尔却在该年秋天带领960个教授公开宣誓支持希特勒的纳粹政权，并一度担任弗莱堡大学校长。1945年盟军占领德国以后，他因这段历史受到审查并被禁止授课。1951年恢复授课，1959年退休，以后极少参加社会活动，避居在家乡黑森林的山间小屋，只和很少一些最亲近的朋友一起讨论哲学问题。