天命元年（1616年），后金势力迅速扩张，与明形成对峙。努尔哈赤认为，刚刚崛起的后金要与明朝抗衡，就必须与邻近的漠南蒙古联盟。努尔哈赤利用漠南蒙古内部分裂的弱点，采取了恩威并施的方针。对漠南蒙古的东部科尔沁和内喀尔喀等部落联合争取，凡率部归顺的一律从优款待，给以官职，并采取联姻的政策，试图把漠南蒙古纳入后金的管辖范围。天命十年（1625年），察哈尔部林丹汗发兵进攻科尔沁蒙古，努尔哈赤派兵前往救援，解救了危机。此后，蒙古科尔沁等部便脱离察哈尔汗管辖，主动归顺后金，成为努尔哈赤的属臣。
皇太极上台后，为吸引更多蒙古部落前来归顺，巧妙利用蒙古各部落反抗察哈尔暴政的契机，采用政治斗争和军事打击的双重手段，进一步孤立察哈尔汗，使后金与蒙古各部落缘由的简单联盟，最终演变成政治、军事的全面同盟。清太宗就说过：“臣于诸国，慑之以兵，怀之以德，四境敌国，归附甚众…乃着，朝鲜素未输城，今已称弟纳贡；喀尔喀五部举国来归；喀尔沁、土默特以及阿录诸部落，无不臣服。察哈尔兄弟，其先归者半，后察哈尔携其余众，避我西奔，未至汤古忒部落，殂于西喇卫古尔部落打草滩地，其执政大臣率所属尽来归附。今为敌者，惟有明国耳。”[3] 清代蒙古诸部
后金收服蒙古后，蒙古对清朝的入主中原也有提供了巨大帮助。清太祖努尔哈赤曾说过：“满洲、蒙古，语言虽异，而衣食起居，无不相同，兄弟之国也”。[4] 可见，他一直都把蒙古当做自己对抗明朝的有力盟友。在努尔哈赤去世前，漠南蒙古的科尔沁、扎莱特、杜尔伯特、郭尔罗斯四部已先后和后金站在一起共同抗明。[5] 到顺治初年，清与漠南蒙古诸部的关系发展的非常快。赏赐、联姻频频实行，进一步密切了与漠南蒙古之间的关系，赢得了漠南蒙古的大力支持。正如魏源所说：“世祖当草创初，冲龄践乍，中外帖然，繄蒙古外戚扈戴之力”。[6] 在清朝统一全国后，蒙古也一直与清朝保持着良好的臣属关系，并以蒙古作为其驻守北部边疆的藩障。康熙帝说：“帝王治天下，自有本原，不专恃险阻。秦筑长城以来，汉、唐、宋亦常修理，其实岂无边患？明末，我太祖统大兵长驱直入，诸路瓦解，皆莫敢当。可见，守国之道，惟在修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城”“柔远能迩之道，汉人全不理会。本朝不设边防，以蒙古部落为之屏藩耳。”[7]