真菌修复，是指利用土壤生态系统中某些真菌和植物共生形成的菌根的降解能力而实现污染土壤修复的过程。对于某些难降解的天然高分子物质如木质素、纤维素、石油中的某些组分、有机高分子化合物等，真菌具有较强的降解能力。真菌（其中白腐真菌最为典型）可以降解多种有机污染物，包括高毒性化合物如二罗英、多氯联苯、多环芳烃、杀虫剂等，并在其真菌修复原理和技术方面得到了很好的发展。[1]
分解作用是真菌在生态系中所扮演的重要角色，由菌丝体往体外分泌酵素达成。许多真菌可体外分泌酸性物质与酵素以分解纤维素与木质素等大分子物质，进行胞外消化，许多有机污染物也有类似这些物质的长碳链结构。真菌修复的关键是找出可分解特定污染物的真菌种类，已有某些种的真菌被发现有分解沙林的能力。
著名的生物修复研究者S. A. Thomas曾进行一项实验，它将平菇的菌丝体接种至被柴油污染的土壤中，使用细菌的传统生物复育方法则被用作对照组。四周后，加入平菇的实验组有95%以上的多环芳香烃被分解成小分子的无毒产物，土壤中原本的菌落可能与真菌一起参与分解作用。木材腐朽菌对分解芳香族与含氯的污染物特别有效。
1.真菌过滤（Mycofiltration）：是一个相似的概念，以菌丝体过滤土壤中的水分，以移除污染物。
2.菌丝体（英语：Mycelium，又称为菌丝球）：指真菌的营养生长部分（相对于生殖生长部分的子实体），由许多分枝的菌丝组成。大块的菌丝体有时会被称为“shiro”，特别是仙女圈真菌的菌丝体。菌丝体可以存在土壤或许多其他基质中。一颗典型的孢子可萌发出一个同源的菌丝体，尚不能进行有性生殖，两个同源菌丝体进行融合并形成一个双核菌丝体后才能进行有性生殖，并产生子实体（例如蕈类）。菌丝体的大小可以小到肉眼难以观察，也可以十分庞大。真菌透过菌丝体来从环境吸收水分与矿物质，也透过胞外消化吸收有机养分。首先菌丝释放酶到周围的基质中，将多糖、多肽等生物聚合物分解成单体，这些小分子养分随后透过促进性扩散或主动运输进入菌丝体中。
菌丝体可将生物残渣分解，在水域与陆域生态系中都扮演着重要的角色，它们将有机的碳源分解，并在生长的过程中将其以二氧化碳的形式释放到大气中，完成碳循环。菌根真菌的菌丝体可以提升植物吸收水分与无机盐的效率，并抵抗部分植物病原。对许多土壤中的无脊椎动物来说，菌丝体是重要的食物来源。
3.菌核（Sclerotium）：是由菌丝体特化而成的坚硬构造，为低温、缺水等逆境时，真菌在土壤中形成的休眠构造。