唐末有行在都指挥处置使，为临时差使。[9] 据杜文玉教授考证，都指挥使在晚唐时已为较常见的武职。《资治通鉴》广明元年（880年）十一月条载：“汝郑把截制置都指挥使齐克让奏黄巢自称天补大将军。”张国刚教授于《唐代官制》中亦说：都指挥使，“掌领兵征讨，与都知兵马使无异，而晚唐都知兵马使之名已不多见。疑即为都指挥使所代替。”[2]
五代时，始用作统兵将领之称，尽统诸将，非一都之指挥使。[1]
宋殿前司和侍卫亲军马、步军司均设都指挥使、副都指挥使，下属各军设都指挥使。[1]
辽南面官与北面官、金殿前司、京城武卫军与诸总管府皆有都指挥使。[9]
元置都指挥使司，设都指挥使，副都指挥使。[1]
明初，于中央设置都督府，为全国军政之总理机关。地方则设都卫指挥使司及行都卫指挥使司，置都卫指挥使及行都卫指挥使，主管一方军政，而受成于都督府。[3] 各省都指挥使司设都指挥使一人，为地方最高军事长官，隶属于京师的五军都督府。[1]
清军入关以后，都司“民化”趋势愈发明显，其军事职能渐趋消失。雍正三年（1724年），清代的都司全部裁撤，从此再无都指挥使司意义上的都司，只余绿营兵的中级官员“都司（佥书）”。[16] 另据《清史稿》记载，清设有外卫都指挥使（正二品），銮仪卫都指挥使（正一品）等官。[19]
明初年，可以世袭得之。洪武四年（1371年）以都指挥使节制方面，职任甚重，定制不准世袭，全由朝廷选择升调。[3] 在素质要求方面，则是“考选其才者充之”。[17]
明代任官之事，武归兵部。《明史·选举志》记载，“凡大选，曰色目，曰状貌，曰才行，曰封赠，曰袭荫。其途有四，曰世职，曰武举，曰行伍，曰纳级。初，武职率以勋旧。太祖虑其不率，以《武士训戒录》、《大诰武臣录》颁之。后乃参用将材，三岁武举，六岁会举，每岁荐举，皆隶部除授。”而“官之大者，必会推”，则“都指挥、留守以下，上一人”。这说明，明代都指挥使的选任有世袭、大选和会推等途径。[18]
明代所设都卫凡13处：（1）燕山；（2）西安；（3）太原；（4）杭州；（5）青州；（6）江西；（7）成都；（8）福州；（9）武昌；（10）广东；（11）广西；（12）定辽；（13）河南。此外，又置行都卫3处；（1）西安；（2）大同；（3）建宁。太祖洪武八年（1375年）十月，诏各都卫一律改名为都指挥使司。至于称谓，13处都卫之中，江西、广东、广西、河南4处本为省名，故沿而未改；余下9处，皆改以行省为号。于是改燕山为北平﹔西安为陕西；太原为山西；杭州为浙江；青州为山东；成都为四川；福州为福建；武昌为湖广；定辽为辽东。至于行都卫亦改为行司：西安改为陕西；大同改为山西；建宁改为福建。洪武十三年（1380年），中央罢都督府，并置前、后、左、右、中等五军都督府，而总于兵部。于是上述13处都司及3处行都司，则按其方位分属五府，并间接受成于兵部。其后都司、行都司累有析置变更，至宣宗宣德中（1426~1435年）定制：全国凡有都司十六，行都司五。16处都司，除上述13个省每省各有一司外，还另设辽东、大宁、万全3处；5处行司则为：山西、陕西、福建、四川及湖广。[3]