主词条：马来西亚历史
公元初马来半岛建立了羯荼国、狼牙修、古柔佛等古国。
从7世纪到14世纪，三佛齐的影响力也延伸至马来半岛和婆罗洲的大部分地区。
直到14—15世纪，三佛齐覆灭后不久，10世纪传入的伊斯兰教才在马来半岛奠定根基。这个地区分裂成众多以伊斯兰教为主的苏丹国，其中最突出的是15世纪初以马六甲为中心的马六甲王国。马六甲王国覆灭后，末位苏丹儿子建立了柔佛王国。当时马来群岛分裂为众多小国家，包括亚齐、文莱、柔佛、霹雳、万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。
16世纪末以后，欧洲商人在马来西亚发现了不同的资源，如锡矿、胡椒和金矿等，欧洲殖民势力继续在这个区域扩张。各苏丹国国势虚弱为从其它地区人民移入这些马来故土创造了条件。布吉人在1699年刺杀了柔佛末位马六甲血统苏丹，控制了柔佛和雪兰莪，米南加保人也迁入马来亚并建立了森美兰。柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个权力真空，霹雳成为苏丹国中的领导者。暹罗的大城王国将北部的吉打、吉兰丹、北大年、玻璃市和登嘉楼变成自己的属国。
18世纪，第一批外来移民涌入马来西亚，包括阿拉伯人、印度人、华人。
1942年至1945年，马来西亚被日本占领，激起地区的反殖民民族主义。马来西亚共产党在英军的召集下成立人民抗日军，进行抗日游击战。
1945年日本投降后，马共开始转为进行反英殖民活动，进行罢工、罢课，与英殖民政府关系日益紧张。1948年6月，霹雳和丰有三名欧洲籍的园丘主管被杀害，英殖民政府宣布马共等多个左冀政党为非法组织并展开取缔，马共从和平斗争转为武装斗争，再次走进森林展开游击战，全马进入紧急状态。1949年，马来亚民族解放军（后改名马来亚人民解放军）成立，游击战一直坚持到1960年代，之后渐渐退守于马泰边境的森林之中。在英国军方的强烈镇压，加上中国停止输出革命，断绝一切对东南亚各国共产党的援助，停止武器和粮食支援。失去了中国的援助之后，马共相继放下武器向东南亚各国政府投降。