当前，畜牧业已成为我国农业农村经济的支柱产业，成为农民收入的重要来源。而影响畜牧业高效、优质和安全生产的众多因素中，遗传育种所起的作用最大，畜牧业生产历史证明，遗传繁殖是生产环节中第一要素。
动物（畜禽）育种国家工程实验室建立动物遗传基因资源发掘评价、分子育种、繁殖技术等研发平台，开展优异基因资源大规模发掘和有效利用技术，经济性状新型分子标记开发和辅助育种技术，胚胎规模化生产技术，体细胞克隆技术，优质、抗病、特色转基因畜禽育种技术等研发，满足我国畜禽和特色经济动物养殖的需求。 实验室将以动物遗传资源发掘与利用、动物分子标记辅助育种、动物胚胎工程与体细胞克隆、动物转基因工程育种为重点研究方向。
按照国家发改委国家工程实验室建设指南规定的建设重点，建设动物育种领域中共性关键技术和工程化应用技术研发与扩散的基地，成为国家遗传育种技术创新体系的重要支撑部分，成为我国动物遗传资源和育种繁育产业化技术重要平台，成为衔接动物育种基础研究与工程化、产业化开发和现代畜牧企业的桥梁和我国动物遗传育种与繁育技术创新人才凝聚、培养和国际交流与合作的重要基地。