夏（约前21世纪—前16世纪），属梁州地域。
商（约前16世纪—前11世纪），属商邑，是契的封地。
周（前11世纪—前256年），属上洛地。战国初期，属楚治，张仪使楚后归属秦国。
秦始皇统一中国后，属内史郡之商县。
西汉，属弘农郡之商县。东汉，属京兆尹之商县。
三国时期，属曹魏之京兆尹之商县。
南北朝时期。北魏初期，属苌和郡管辖；北魏景明元年（500年），始设南商县；西魏，属苌和郡；北周天和六年（571年），改苌和郡为慎政郡。
隋开皇初，撤销郡、县，为上洛县地。
唐，属山南西道商州商洛县管辖。
宋，属永兴军路商州商洛县。金，为上洛县地。
元，为商州地。元，开省制，属陕西行中书省，奉元路商州管辖。
明洪武初年（1368年），降商州为县，属陕西西安府华州商县辖。明成化十二年（1476年），复升商县为州，设商南县，隶属陕西西安府商州。
清雍正三年（1725年），升商州为直隶州，属陕西潼商道商州管辖。
民国二年（1913年），废州府，存县道，商南隶属汉中道。民国三年（1914年），属关中道。民国十七年（1928年），直属陕西省。民国二十四年（1935年），于商县设第四专员公署督察区（系十九绥靖区），商南县为直辖六县之一。民国三十五年（1946年）8月中旬，在太子坪成立商山县民主政府，隶属中共豫鄂陕边区第三地委，第三军分区管辖。同月底，郧商县人民民主政府在赵川马家坪成立，隶属第三分区管辖。民国三十七年（1948年）5月，在河南省西峡县丁河镇成立商南县人民民主政府，隶属中共豫陕鄂边区第二地委、第二军分区管辖，西峡县西坪镇划归商南。
1949年，属陕南行政公署第二分区辖。
1950年5月，属商洛地区专员公署辖。
1969年，属商洛地区行政公署管辖。
2001年，属商洛市管辖。[11]
截至2022年10月，商南县辖1个街道、9个镇：城关街道、富水镇、湘河镇、赵川镇、过风楼镇、试马镇、清油河镇、十里坪镇、金丝峡镇、青山镇。[9] 商南县人民政府驻地城关街道。[10] 商南县