1896年，英国细菌学家厄内斯特·汉金首次报道了噬菌体存在的可能性，其在研究中发现印度恒河与亚穆纳河的污水表现治疗霍乱的作用，霍乱是由霍乱弧菌引起。[3]
1899年，伽马利亚氏在培养炭疽杆菌时首先发现细菌有被溶噬现象。1915年，英国微生物学家弗德里克· 特沃特在伦敦布朗研究所进行天花疫苗研究时首次观察到噬菌体现象，同年，法国巴斯德研究所的费利克斯· 德赫雷尔在研究志贺氏菌痢疾时独立发现了类似现象，他将其命名为"bacteriophage"（噬菌体），并建立了病毒学研究的关键方法学体系。德赫雷尔系统论证了噬菌体的三大特性：① 特异性吸附宿主细胞；② 具有可定量测定的颗粒性特征（通过噬斑计数法）；③ 能引起宿主细胞裂解（lysis）。两位科学家的平行发现共同开启了病毒学研究的新纪元。[1] [2] 1917年，德赫雷尔的研究结果在法国科学学会上宣读并发表，他本人也被认为是噬菌体的发现者。[3] 费利克斯· 德赫雷尔（Felix d’Herelle）
噬菌体发现后不久，其临床应用研究便迅速展开。1919年，德赫雷尔率先开展噬菌体治疗研究，使用噬菌体制剂成功治愈一名12岁细菌性痢疾男孩。1921年，理查德·布鲁诺格和约瑟夫·梅森首次报道噬菌体治疗葡萄球菌引皮肤感染的成功案例。[3] 同样是在1921年，布鲁塞尔巴斯德研究所的朱勒斯·博尔德特（Jules Bordet）提出了一个具有争议性的观点：他认为德赫雷尔所描述的"噬菌体"并非独立病原体，而可能只是细菌自身产生的某种促进繁殖的酶。[4]
1934年，马克斯·史莱辛格通过研究纯化的噬菌体取得了重大发现：他测定噬菌体的最大线性尺寸为0.1微米，质量约为4×10-17克，并首次确定其化学组成为等比例的蛋白质和DNA。[4] 1940年苏联科学家又得到了气性坏疽及破伤风杆菌等的噬菌体。[2]