显仁于元永2年（1119年）5月28日出生于三条乌丸亭，母亲是鸟羽天皇中宫藤原璋子。6月19日，显仁受封亲王。保安5年（1123年）正月28日，按照白河法皇的授意，5岁的显仁亲王被立为皇太子；同日鸟羽天皇让位。2月18日，显仁亲王于土御门殿正式受禅即位，是为崇德天皇。
大治4年（1129年）7月7日，白河法皇逝世，鸟羽上皇开设院政。鸟羽上皇照搬乃祖的老一套，“政天下者上皇一人”，把失去白河法皇保护的崇德天皇牢牢攥在手里。同年，关白藤原忠通的长女藤原圣子（皇嘉门院）入宫为天皇女御；翌年（1130年），藤原圣子被册立为中宫。
崇德天皇与中宫圣子虽关系较为融洽，但二人没有生育（一说圣子流产后无法再生育）。鸟羽上皇在白河法皇逝世后，宠幸藤原得子（美福门院）；为进一步巩固自己的权力，保延5年（1139年）五月，鸟羽上皇把自己与藤原得子所生的儿子体仁亲王送给崇德天皇做养子，三个月后将其立为太子。保延6年（1140年）9月2日，崇德天皇的女房兵卫佐局为天皇生下了皇长子重仁亲王；有观点认为，这可能引起了中宫圣子和其父藤原忠通的不快。
1141年，鸟羽上皇出家为法皇。如天皇成年，将不可避免地会对法皇的院政统治构成威胁。为防日久生变，鸟羽法皇在永治元年（1141年）12月7日胁迫崇德天皇退位，由得子所生的体仁亲王即位，是为近卫天皇。
继位的体仁亲王被崇德天皇的中宫藤原圣子育为养子，本应称皇太子；但鸟羽法皇临时更改了让位诏书，将体仁称作“皇太弟”，引发了一场继统风波：
“七日辛未，天皇禅位于皇太弟。【百炼抄、今镜、愚管抄、一代要记、历代皇纪、帝王编年记。】
天皇雅无去位之意，法皇宠美福门院，欲立其所生，故速禅位。【今镜、保元物语。】法皇谕旨书诏者，改皇太子为皇太弟。天皇大愕曰：‘何遽如此也？须明日审议。’【参取愚管抄、今镜。】是日，百官就班，待诏书出。天皇奉书法皇，中使相继，法皇不从。及昏始传剑玺于昭阳舍。【今镜。】
以故二宫不协。【愚管抄、保元物语】”
（《大日本史》）
由于继位的是异母弟，崇德天皇失去以天皇之父身份监护幼帝的权力，开设院政的希望化为泡影。崇德上皇对此事耿耿于怀。这种不正常的继统程序，也为日后的“保元之乱”埋下了祸根。崇德上皇迁往三条西洞院居住，人称新院。