全区有7个县（民丰、柯坪、裕民、青河、吉木乃、阿合奇、塔什库尔干）尚未分设地税机构。全系统有7000多名地税职工，其中少数民族职工2000多人，占干部职工总人数的30%，大专以上文化程度职工人数占90%。从建局到2009年，已累计组织税收1428.6亿元，年均增长20.62%，税收收入从1994年的16.7亿元增加到2009年的277.84亿元。
（一）办公室
拟订本系统年度工作计划、有关工作制度；组织起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、维稳、应急工作；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；管理机关财务和其他行政事务；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。
（二）政策法规处
拟订并组织实施本系统依法行政、依法治税工作方案；组织协调涉及多税种、综合性税收政策的落实工作；组织开展综合性税收政策调研；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，并定期进行清理、评估和反馈；承办局外涉及多税种、综合性税收政策文件会办工作；牵头重大税收案件审理及规范税务行政审批工作；承办税收规范性文件的备案备查工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件。
（三）营业税处
组织实施营业税的征收管理工作，拟订具体的征收管理办法；对执行中的具体业务问题进行解释和处理；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；负责国际税收具体事项管理工作。
（四）所得税处
组织实施企业所得税、个人所得税、人民教育基金、文化事业建设费以及自治区人民政府授权委托由地方税务部门征收的其他规费和基金的征收管理工作，拟订具体的征收管理政策和办法；对执行中的具体业务问题进行解释和处理；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
（五）财产和行为税处
组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、车船税、印花税、资源税、烟叶税、城市维护建设税、契税、耕地占用税等法律法规规定的地方各税种和教育费附加的征收管理工作，拟订具体的征收管理办法；对执行中的具体业务问题进行解释和处理；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
（六）计划财务处
负责编制地方税收中长期规划，编制、分配和下达年度税收计划任务；监督检查税款缴、退库情况；组织开展税收收入分析预测和重点税源监控管理工作；组织制定并落实税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关制度；承担税收收入数据的综合管理应用工作，对外发布税收收入数据；拟订本系统财务、基建等管理办法；管理地税系统的经费、财务、装备、固定资产；承担政府统一采购工作；审核汇编地税系统的财务预决算；办理各项经费的领拨。