雨花台的形成源于造山运动中宁镇山脉的形成及秦淮河水注入长江造成的泥沙、砾石的堆积。雨花台是南京城南宁镇山脉[3] 的一座山冈，[1] 宁镇山脉是侏罗纪末到白垩纪初在扬子古陆东部通过宁镇运动而形成的一条向北突起的弧形褶皱，雨花台便属于其南支的余脉。[3] [4] 史前时代南京的雨花台一带还是古长江的水道，秦淮河水注入长江时把大量的泥沙、砾石堆积在低洼的长江里或水道旁，久而久之就有了大量的砂砾沉积物。随着地壳上升、这里就形成一片布满砾石的小山冈，古人称为“石子岗”或“石子台”。[2]
雨花台位于江苏省南京市主城城区南部的雨花台区，长约3.5千米。[6] 雨花台坐标为东经118°46′26′′—118°46′33′′，北纬31°59′47′′—32°0′5′′，距南京中华门约1千米，距离南京市中心约5千米。[3] [5] 雨花台区域鸟瞰
雨花台主要地质为砂砾石，建有雨花台砂砾石层市级自然保护区，主要保护雨花台砂砾石层地质遗迹。[7]
雨花台海拔约100米，顶部呈平台状。[6]
雨花台土壤类型以棕壤土和黄棕壤土为主。[3]
雨花台植被类型具有亚热带常绿阔叶林向暖温带落叶阔叶林过渡的特征，现状植被为含常绿成分的落叶阔叶林。[8]
雨花台处于北亚热带季风气候区，气候四季分明，春季冷暖多变，夏季酷热，秋季凉爽，冬季寒冷。年平均气温15.4℃，4—9月平均气温均在20℃以上，年均降雨量900—1000毫米。[8]
雨花台区域木本植物共计156种，隶属于60科110属。据统计，区域内木本植物优势科有蔷薇科、木犀科、木兰科、松科、柏科、忍冬科、豆科、榆科、杉科、小檗科、禾本科、杜鹃花科、槭树科，共计13科50属87种。其中蔷薇科含11属18种，种数和属数均位列第一。[3] 景区内乔、灌木共有285种30万余株，古树名木14个品种共56株。[5]
雨花台区域分布有灰胸竹鸡、白眉姬鹟等常见鸟类。[9] 区域内还分布有多种蝴蝶，据统计，景区内蝴蝶隶属5科18属24种。其中优势种为黑纹粉蝶、菜粉蝶、琉璃灰蝶共三种。常见种为酢酱灰蝶、东方菜粉蝶、中华鬘眼蝶、黄钩蛱蝶、宽边黄粉蝶、青凤蝶、蓝灰蝶、玉带凤蝶、猫蛱蝶、斐豹蛱蝶、大红蛱蝶、小环蛱蝶共12种。稀有种为丝带凤蝶、麝凤蝶、橙翅襟粉蝶、长尾麝凤蝶、中环蛱蝶、青豹蛱蝶、柑橘凤蝶、东亚矍眼蝶、燕灰蝶等9种。[8]