公元前5000年，马耳他地区已经开始有大规模的人类活动。马耳他巨石庙是世界上最早运用拼接技术建成的建筑，也是欧洲最大的石器时代庙宇的遗迹之一，比埃及金字塔历史还悠久。
公元前10世纪起，腓尼基人定居于此；公元前8世纪，马耳他被希腊人占领，公元前4世纪，又被迦太基占领。
公元217年，罗马帝国将马耳他纳入版图，并为马耳他带来前所未有的文明与繁荣，当时所遗留下来的精致马赛克图案、浴池、大理石柱廊，是当时繁荣昌盛的见证。据传，传教士圣保罗曾在公元60年因海难而滞留马耳他3个月，这可能是该国接受基督教信仰的开端。
公元4、5世纪，蛮族入侵欧洲，马耳他一度落入汪达尔人和东哥特人手中，直到公元533年才重新由东罗马帝国取得统治权。
公元9世纪起，马耳他相继被拜占庭帝国、阿拉伯帝国、诺曼人统治。
公元11世纪时，一群来自诺曼第的佣兵进入南意大利，并试图建立一个新的王国，马耳他的阿拉伯人因此同意向佣兵统领罗杰伯爵（Roger de Hauteville）上缴税贡，其子罗杰二世继承父志，于1127年将马耳他纳入版图，这是马耳他再次天主教化的开端。自从罗杰二世在岛上建立天主教自治区之后，马耳他的命运便与西西里岛结合在了一起。1192年，西西里海军将领马加里托因俘获神圣罗马帝国皇后康斯坦丝等战功而被国王坦克雷德封为首任马耳他伯爵。
1283年，在西西里晚祷战争中，阿拉贡名将劳里亚的罗杰在马耳他战役大破那不勒斯海军，为阿拉贡王国夺取马耳他。
1523年，“圣约翰骑士团”由罗德岛移居至此，并获神圣罗马帝国皇帝查理五世的承认。“圣约翰骑士团”后更名“马耳他骑士团”。1565年的马耳他大围攻中，骑士团击败奥斯曼帝国军队，此战是马耳他史上最重大事件，因成功阻止奥斯曼帝国向西欧扩张。