采用更新3D引擎技术，增强球员动作流畅度和神态表现，需3D显卡支持[1]
新增动态雨雪天气系统，但贴图效果较为粗糙[3]
强化团队配合机制，降低个人突破成功率，简化防守操作（按D键即可抢断）[3]
包含英格兰和苏格兰联赛体系，球员名单更新至98-99赛季，但存在部分名称错误[2]
比赛模式：支持联赛、杯赛和友谊赛，可进行队伍管理及转会操作[2]
战术模块：设置4套预设战术组合键，支持比赛分析功能[2]
俱乐部经营：包含青年队培养、财政管理等俱乐部经营模块[2]
联机功能：1998年底起支持MODEM拨号对战，促进早期电竞联盟组建[4]
虽存在AI不平衡（如角球易得分、电脑后场传球无延迟）和画面缺陷，仍被认为是系列革新之作[3][4]
在中国催生首个FIFA联盟（上海FIFA联盟），带动北京、广州等地电竞组织发展[4]
截至2004年，游戏通过降低玩家属性提升难度的方式仍存在争议[3]
FIFA99的图片