1911年—1956年，辛亥革命后，上海地方官府支持的旧时慈善机构普育堂难以维持救济工作，经由二十世纪上半叶中国知名企业家、慈善家和天主教人士陆伯鸿接收，将其翻扩建成为一组现代化的建筑群，取名为家新普育堂”。成为二十世纪上半叶上海最大的收容弱势群体的慈善机构。[2]
1956-1999年，1956年1月，上海市人民政府正式接管新普育堂，将其更名为上海市育儿院。1964年7月，更名为上海市儿童福利院，旧址在今黄浦区普育西路105号，占地面积237702m2，建筑面积17629m2，为孤残儿童提供膳食、护理、康复、心理、教育服务。[2]
1999年至今，在上海市委、市政府的关心下，上海市儿童[2] 福利院进行了易地新建。1999年12月25日中春路新址举行了开工奠基典礼，2001年6月1日主体工程竣工，9月25日完成了从普育西路105号的旧址到闵行区中春路9977号新址的搬迁工作，10月1日举行了隆重的落成启用仪式。
全院占地面积72000㎡。新院在整体设计上处处体现以儿童为本的理念，儿童生活、教育、保健、康复、娱乐等现代化设施一应俱全。在软件配套方面，机构通过建章立制、完善管理，人员引进和大力开展员工培训等途径不断提高队伍的整体水平，以确保机构的可持续发展。同时，通过对外交流，开展中外合作项目和涉外业务，逐步建立一套运行机制。
在儿童中有107名正在接受不同程度的教育，其中35名儿童 在社区的常规学校就读，另外72名儿童在福利院内的“真禅学校”就读，2013年还有三名同学考上了大学。在医 疗康复方面，2013年有540名儿童接受了康复训练，达到在院儿童总数的90%，其中20名儿童接受了手术治疗。
在对院内儿童进行教育和康复的同时，上海市儿童福利院在开展了 孤残儿童家庭寄养工作，并邀请英国专家，一所新的上海市儿童福利 院正在建造中，并将于4月竣工。
儿童福利院是儿童的乐园，处处体现以儿童为本的理念，充满童趣和温馨家园气息，人与环境自然和谐。儿童生活、教育、康复、娱乐等设施齐全，为孤残儿童提供照料、教育、康复、医疗等服务奠定了良好的物质基础。
长期以来，在市委、市政府的关怀下，在社会各界的支持和全体员工的努力下，儿福院各项工作在不断发展，孤残儿童的生存权、保护权、发展权和参与权得到了更好的维护，也赢得了很好的国际声誉，充分展现了上海在打造世界级城市进程中儿童福利的发展水平。
2020年11月20日，上海市儿童福利院入选“第六届全国文明单位”名单。[1]