国民政府军委会军令部前身原为参谋本部。抗战初期，蒋介石倡言战时体制，将中央军政机关改组为大本营六个部。称参谋本部为第一部。后又规复旧制，将军事部门改为军政、军令和军训三部，隶属于军事委员会。军令部共分三厅和高参、秘书室等。一厅掌管作战计划；二厅掌管国内外情报事宜；三厅管总务。所辖陆军大学设在重庆郊区老鹰岩山洞。另在西安、桂林行营设有谍报参谋大员训练班。部内重要负责人选是在标榜全国一致对外的口号下作出各派各系的安排。如部长徐永昌属山西派阎锡山系。三个次长：一个是西北派冯玉祥系的熊斌；一个是蒋介石嫡系封裔忠；另一个是桂系的刘斐。第一厅厅长由刘斐兼任；二厅厅长先是直系徐培根，后为久任驻日海军武官的杨宣诚。至于三厅厅长陈焯和陆大教育长周亚卫都属直系。兹专就二厅所管军事情报言之。
军令部 （英文：Imperial Japanese Navy General Staff）为旧日本海军最高层级的单位之一，并为天皇直属单位。职掌为辅佐统帅，以及海军之作战与指挥。日本战败投降后被废除。
军令部始建于1884年的“海军省军事部”，1893年成立“海军军令部”，1933年《军令部令》制定后始称“军令部”。其地位与日本陆军参谋本部平行，首长为军令部长，后为对应日本陆军参谋总长的职衔，亦于1933年将军令部长改称军令部总长。部长/总长是由天皇所任命的海军将领，不对内阁（包括首相和海军大臣）与国会负责。军令部次长的职掌为辅佐部长/总长，两者皆为御前会议的成员。（注：虽然日本海军军令部长与美国海军军令部长在中文翻译上是一样的，但在英文上有所不同：日本海军军令部长为“Chief of Imperial Japanese Navy General Staff”，直译其实就是“海军参谋总长”；美国海军军令部长则为“Chief of Naval Operations”，直译为“海军作战部长”；但两者职权类似。此外，美国海军并无名为“海军军令部”的单位，却有“海军军令部长办公室”（Office of Chief of Naval Operations），这个办公室等于是海军军令部长的幕僚群；但日本军令部为一“高司”（高级司令）单位，由宿将出任部长。两者略有不同。）
军令部平时主管作战与用兵计划的作为，战时为联合舰队总司令的直属长官，并决定作战目标。军令部虽属于海军最高单位，但设置之初，政府为尊重陆军，是将军令部与参谋本部一并列于陆军之下，这现象到太平洋战争爆发后才有改变。
1884年2月－海军省达丙第21号规定，设立军事部。
1886年3月－修正参谋本部条例，设置参谋本部海军部。
1893年5月－敕令第49号规定，设立海军军令部。
1933年10月－军令海第5号军令部令，海军军令部改称军令部，军令部长改称军令部总长。