1994年8月，巢湖地区国家税务局成立。2000年1月，根据安徽省国家税务局《关于撤销巢湖地区国家税务局设立巢湖市国家税务局的通知》（皖国税发[2000]10号），撤销巢湖地区国家税务局，设立巢湖市国家税务局。
1994～2005年，全地区（市）国税系统共组织收入57.18亿元，为保证财政收入和促进地方经济发展做出了贡献。1994、2000年、2003年、2004年、2005年税收收入完成数分别突破3亿、4亿、5亿、7亿、10亿元大关。
始终坚持开展争创“文明单位”、“青年文明号”、“最佳办税服务厅”、“文明服务示范窗口”等活动，开展“优秀税务工作者”、“人民满意的公务员”等评比竞赛活动；始终坚持以人为本，将思想政治工作纳入目标管理考核；大力开展岗位练兵，不断提高干部队伍的政治素质和业务；全面推行干部考察责任制、任前公示制、公开选拔制、试用制和诫勉制等，大力提拔具备真才实学的优秀年轻干部。巢湖市国税局机关6次被市委、市政府评为“先进单位”和“文明单位”；连续3年被省国税局评为“目标管理先进单位”，2004年被省委、省政府授予“第六届安徽省文明单位”、2005年被全国文明委、人事部授予“全国精神文明创建工作先进单位”，2006年被省委、省政府授予 “第七届安徽省文明单位”。先后涌现出林晓东、黄万诚、魏伯双、管捷等一大批国家级、省部级的先进典型人物。
2014年12月，获得“安徽省文明单位”荣誉称号。[1]
市局内设11个行政科（室），级别为正科级；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。
办公室
负责制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；负责本系统目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调；承办领导交办的其它工作。
政策法规科
负责组织有关政策法规的调查研究和宣传培训；负责贯彻、建立和推行规范税收执法的规章、制度；负责税收资料调查工作；负责组织对税收法律、法规执行情况进行监督检查；承办重大税收案件审理的日常工作；负责税务行政诉讼、听证和赔偿等涉税法律事务；负责规范性文件的会签把关、税收检查案件的复查复审以及配合审计、财政监督等部门的外部监督工作；承办领导交办的其它工作。
流转税管理科