该所设施完善，其中办公楼三幢，总建筑面积2000m2，含学术厅、音像厅等；实验楼3幢，建筑面积980m2，含人工气候室；标准水稻育种圃4.8公顷，国家级水稻原原种基地(圃)2公顷，原种基地6公顷，国家种质南宁野生稻圃一个约0.6公顷，国家级野生稻原生地生态保护及研究基地两处23.6公顷，智能温室200m2以及仓库、晒场等水稻科研配套设施。[1]
该所以应用研究和开发研究为主，设品种资源研究室、杂交水稻研究室、优质常规水稻研究室、分子育种研究室、品种区域试验与高产栽培研究室，同时参股广西农乐种业有限责任公司和广西稻丰源种业有限责任公司；“六五”至“十五”期间，本所共主持或参加国家“863”计划、“948”项目、国家自然科学基金和国家、广西各级科技攻关等研究项目205项，并先后与国外15个国家的25个农业科研院所、农业院校进行长期、短期的科技交流和合作。 2004和2009年分别获农业部批准建设国家水稻改良中心南宁分中心和广西水稻圃。“十五”期间获全国100强科研院所，排第48位，是广西综合实力最强的专业水稻研发机构。
建所以来，本所共育水稻新品种（组合）104个，有13个品种获国家品种权保护。累计推广面积3亿多亩，增加社会、经济效益200多亿元；获各级科技成果奖86项，其中，国家级奖7项，省部级奖66项，其它成果奖18项。
广两农科院水稻所的宗旨是：团结、改革、开拓、进取；出成果、出人才、出效益、为广西粮食丰产作贡献。
设有办公室、后勤管理科、科研科和财务科等4个科室；设有野生稻种质资源、栽培稻种质资源、优质常规稻育种、杂交稻育种、超级稻育种、功能稻米育种、分子育种、水稻栽培、水稻区域试验、种质创新利用、转基因安全性评价、水稻品种测试、地方特色水稻等15个研究团队。[1]
目前本所拥有国家水稻改良中心南宁分中心（一期、二期）、国家农作物种质资源繁殖更新基地、农业部作物基因资源与种质创制科学观测试验站、广西水稻技术工程研究中心、广西农业良种培育中心、广西水稻种质资源圃、广西转基因水稻育种基地、广西水稻遗传育种重点实验室和广西水稻优质化育种研究人才小高地等一批省部级科研平台。
建所以来，承担国家和省级科研项目400多项；先后育成水稻品种130个，累计推广面积6亿多亩，增加社会、经济效益400多亿元；获各级科技成果奖115项，包括国家级奖9项，省部级奖75项，其它成果奖31项，发表学术论文500多篇，出版专著9部。