由于人类活动改变了天然水的性质和组织，影响水的使用价值或危害人类健康，称为水污染。有4种类型：[3]
（1）生理性污染，指污染物排入天然水体后引起的嗅觉、味觉、外观、透明度等方面的恶化；
（2）物理性污染，指污染物进入水体后改变了水的物理特性。如热，放射性物质，油、泡沫等污染。
（3）化学性污染，指污染物排入水体后改变了水的化学特征。如酸碱盐，有毒物质，农药等造成的污染。
（4）生物性污染，指病原微生物排入水体，直接或间接地传染各种疾病。
以北运河水系主要干支流2011年1～12月23项指标的监测数据为依据，采用水质类别法和平均综合污染指数法，对水质污染特征进行综合评价，运用主成分分析和系统聚类分析法，对水质指标主成分以及水质差异进行分类，并进一步对不同干支流污染来源进行分析，结果表明,北运河水系由于排污量大，地表水污染严重，除城市中心区部分河流水质为Ⅲ~Ⅳ类外，城市排水河流、远郊河流水质均为劣Ⅴ类，水质由3个主成分组成，COD、CODMn、BOD5、NH3-N、TP等为第一主成分;汞为第二主成分；油类为第三主成分，干支流水质分为4类：
第1类为清洁水源类河流，主要集中在城市中心区，降雨地表径流、雨污合流管网溢流引起的非点源污染是影响其水质达标的重要污染源；
第2类为再生水水源类河流，主要集中在城市排水上游河流，城镇污水处理厂排水是其主要污染源；
第3类为再生水与污水混合水源类河流，主要集中在城市排水下游河流及部分远郊区河流，由于城市下游排水管网不健全，远郊区污水集中处理率低，生活源和农业源的污染贡献率较高，水质污染严重；
第4类为污水水源类河流，布于远郊区县，农业污染占比较大，水质污染最严重。[4]
入湖河流作为连接湖泊流域"源"(陆地)-"汇"(湖体)的廊道，其水生态系统健康状态是对流域上游陆地生态系统土地利用/覆被变化的响应，而其下游水质污染因子则因流域分水线的封闭性，可以表征上游土地利用/覆被变化对入湖河流水生态系统健康的影响，因此，利用水生生物指标识别入湖河流水质污染因子及其空间分布特征，对于整个湖泊流域的水生态系统健康恢复和水环境污染总量控制就显得尤为必要，本文基于滇池流域29条入湖河流2009年7～8月丰水期着生藻类和底栖动物调查数据与2009年逐月水质监测数据，通过运用因子分析、典型对应分析和等级聚类分析，来探讨入湖河流水生生物群落结构与水质污染因子及其空间分布特征 ，以期为流域综合管理提供基础，结果表明，滇池流域入湖河流在水生生物调查期间共检出着生藻类5门18科24属，以硅藻门的舟型藻属(Navicula)为优势属，底栖动物3门7科8属,以环节动物门的水丝蚓属(Limnodrilus)为优势属；TN、NH4+-N和TP是滇池流域入湖河流的水质污染因子；滇池流域入湖河流水质污染状况的空间分布特征为流域北部入湖河流(王家堆渠、新运粮河、老运粮河、乌龙河、大观河、西坝河、船房河、采莲河、金家河、盘龙江、大青河、海河、六甲宝象河、小清河、五甲宝象河、虾坝河、老宝象河、新宝象河和马料河)污染程度大于南部入湖河流(南冲河、淤泥河、老柴河、白鱼河、茨巷河、东大河、中河和古城河)大于东部入湖河流(洛龙河和捞鱼河)。[5]