波尔多是在1881年2月1日以体育会名义成立的，直到1910年才成立足球部，成为波尔多足球俱乐部。1919年波尔多首次参与正式联赛，但那时只是业余球会，直到1937年才成为职业化球队。
波尔多队成绩起伏很大。二次大战前波尔多一直在低组别联赛打滚，直到1945年才正式升上甲级联赛，但很快又降回乙级。1949年波尔多赢得法国乙组联赛冠军，随后一季竟赢得首个法甲冠军。但之后再次降入低级别联赛。一直到二十世纪八十年代球队成绩才又开始回暖飞，赢得3个法甲联赛冠军、2个法国杯冠军，连续几年出席欧洲赛事。可惜踏入九十年代，波尔多又突然成绩下滑降入乙级，但随后不久波尔多再次升上甲级，并得以参加1996年欧洲联盟杯比赛，最后获得亚军。
2008/09赛季，波尔多再次获得法甲联赛冠军，打破了里昂对法甲冠军七年的垄断。2009/10赛季欧洲冠军杯小组赛，波尔多在拥有拜仁慕尼黑和尤文图斯两支传统强队的A组中脱颖而出，取得小组头名。
波尔多在2021/22赛季结束后从法甲降入法乙，2023/24赛季，波尔多在法乙联赛14胜9平15负排名第13。[11]
2024年7月，波尔多俱乐部官方消息，为开始必要的重组流程，俱乐部确认已经向法院申请破产。[12]
2024年8月，阿尔法-迪亚洛转会离队波尔多俱乐部，加盟朗斯[14] 。9月，阿马杜·迪亚洛、安迪·卡罗尔转会加盟。[15] [16]
2025年6月，安迪·卡罗尔离队。[18]