肺炎衣原体被认为是肺炎、支气管炎及其他呼吸道感染的常见病因；牛衣原体仅存在于牛和羊；鹦鹉热衣原体可引起鹦鹉热，是人类吸入受感染的鸟的排泄物的干燥尘粒而感染，发病时常有高烧、头痛、肌肉痛、寒战和上下呼吸道不适，部分患者可并发脑炎、心肌炎或血栓性静脉炎。沙眼衣原体除可导致沙眼外，还是公认的性传播疾病的传染源之一。在非淋菌性尿道炎中，几乎一半是由沙眼衣原体传染造成的。它还可以引起尿道综合征和性病性淋巴肉芽肿、男性尿道炎、附睾炎、女性不育、子宫颈炎、盆腔炎等。新生儿通过产道感染可引起新生儿眼炎或新生儿肺炎。沙眼衣原体还可引起成人肺炎，对孕妇危害也较大，可造成宫外孕、流产、死胎、绒毛膜羊膜炎、早产等。
1.性传播
性传播是直接传播的表现途径，是衣原体感染较为常见的原因，在性生活中如果不注意卫生，或者性伙伴过多，又或者性生活过于频繁，很容易造成衣原体感染，而且还很有可能感染其他疾病，所以一定要保证性生活健康，禁止存在多个性伙伴。
2.间接传播
衣原体感染的间接传播途径也非常的多，与患者公用毛巾、衣物等私人物品，或者使用患者使用过的器械，或者与患者共用一个游泳池等，这些情况都有可能导致衣原体感染。所以女性朋友一定要注意私人物品不要共用，尽量不要与衣原体感染的患者接触，这样才能减少被感染的机会。
3.母婴垂直传播
母婴沙眼衣原体感染可以通过产道接触感染、宫内感染及产褥期感染，其中产道接触感染比较多见。
衣原体感染需经过一定的实验室检查才能诊断。常用的检查方法是衣原体培养、直接荧光抗体检测、酶标免疫反应和分子生物学检查，如聚合酶链式反应（PCR）和连接酶链式反应（LCR）。
1.衣原体培养
由于沙眼衣原体是在细胞内寄生，所以它只能在组织中培养。培养法的特异性好，但敏感性低，试验较复杂，费用高，一般临床少用，多为研究所用。
2.直接荧光抗体检测
这是非培养法中应用较多的检测方法。此法操作容易，特异性好，但需要有经验的检验师检查。
3.酶标免疫反应
这是目前应用最广的检测方法。该法的优点是快速、方便。但敏感性有时不够高。
4.PCR和LCR
为分子生物学检查方法，是将标本数目有限的目标DNA或RNA序列成百万倍放大，使敏感性大大提高。本法对实验室的要求较严格，操作不规范易出现假象，我国规定必须是有条件的实验室并经过国家有关部门认可才能进行该项检测。