额亦都幼年时，父母被仇家杀害，自己因躲在邻村得以幸免。1574年（明万历二年），年仅十三岁的额亦都手刃仇人，前往嘉木瑚寨（今辽宁抚顺境内）投奔姑父穆通阿，并与表兄哈思护相处甚欢。[4]
1580年（万历八年），努尔哈赤途径嘉木瑚寨，借住在穆通阿家中。额亦都与努尔哈赤彻夜长谈，相见恨晚，不顾姑姑的反对，决定跟随于他，并道：“大丈夫生于世间，岂能碌碌而终。我一定会建功立业，不让姑姑担忧。”次日，额亦都便随努尔哈赤离去。[5]
当时，努尔哈赤处境艰难，家中只有十三副盔甲。努尔哈赤族人龙敦等人因惧怕明朝，打算杀死努尔哈赤向明朝请功，于是遣人在夜里袭击。努尔哈赤幸有额亦都随侍左右，得以转危为安。[6][7]
1583年（万历十一年），努尔哈赤起兵讨伐尼堪外兰，额亦都随军夺取图伦城、色克济城、舒勒克布占城。额亦都骁勇善战，能开十石强弓，经常以少胜多，努尔哈赤对他日见亲信。[8]
1587年（万历十五年），额亦都率军攻打巴尔达城。行至浑河时因河水暴涨而受阻。额亦都命令士兵把绳子系在身上，鱼贯渡河，并连夜率勇士攻城。守城士卒被惊醒，仓促应战，乱箭齐发，射穿额亦都的大腿，将他钉在城墙上。额亦都挥刀砍断箭矢，奋力再战，身中五十多处创伤仍不退却，终于夺下城池。战后，努尔哈赤授他巴图鲁称号。[9]
不久，额亦都在对萨克察的战役中，率军连下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨。后来，界藩城有盗马贼科什盗取建州九匹马，额亦都单骑追斩科什，将马匹全部夺回。嘉木瑚人贝挥巴颜叛附哈达，额亦都将他父子五人全部诛杀。[10]
1593年（万历二十一年），叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，攻打黑济格城。努尔哈赤亲自在古勒山陈兵抵御，并命额亦都率百骑挑战。额亦都力斩九人，击退敌军，生擒叶赫贝勒布寨，趁胜夺取诺赛寨、兆佳村。不久，纳殷路首领搜稳塞克什再次聚集七寨兵马，据守佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古攻破佛多和山，斩杀搜稳塞克什。[11]
1599年（万历二十七年），额亦都随努尔哈赤平定哈达部。1607年（万历三十五年），额亦都随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等三路，不久又随军灭亡辉发部。[12]
1610年（万历三十八年），额亦都奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，招降康古礼等十九人，不久又趁胜夺取雅揽路。1611年（万历三十九年），额亦都与何和礼、扈尔汉征伐渥集部虎尔哈路，攻克札库塔城。1613年（万历四十一年），额亦都随平乌达部。[13]