简介
其中可以用来检测基因表现程度之 cDNA 微阵列（cDNA-microarray），已开始商业化，市场主要以研发实验室为主。此外，以光刻（photolithography）技术制作，可检测基因多形式（Polymorphisms）之生物芯片，尚处于试验阶段而结合微流体学（microfluidics）之临床诊断用芯片，则仍在研发阶段。
基因芯片的制作方式基本可分为以下几型：
由美国斯坦福大学开发的cDNA array的制作方法，将预先合成好的核酸探针布放于玻片载体上。 优点：设计较长的探针长度可增加专一性。 缺点：芯片密度较光罩法低，并须有良好的保存设计。
这种方法又可分为点制法与印制法。
点制法是小规模生产或实验室自制的低密度芯片，以机械手臂上带有毛细作用的细微刻痕的钢针，将核酸探针溶液点放于玻片或聚酯纤维膜上。成本低廉，适合探针数少或制造需求量不大的状况。
印制法是从喷墨打印机的方式变化而来，用加热气泡的方式将核酸探针印于玻片上。使用制作良好的喷头可同时实现高密度、长探针的基因芯片；例如PhalanxJet。
原位合成(in situ synthesised)，是原来用于电子芯片制作的光刻法(Photolithography)，转为核酸序列的合成技术。利用光罩控制反应位置，将核苷酸分子依序列一个一个接上去；可大量生产超高密度的芯片。由于制程与光罩成本等因素，这种方法做出的探针长度约在25-mer以下；因此同一个基因需要多个探针对应，以避免误判。主要生产厂有 Affymetrix、Roche NimbleGen等。
Illumina公司有其独特的微珠阵列，将核酸探针制作于微小颗粒上，再将其布放于特制玻片。
在96孔或384孔标准PCR盘或384孔微流体盘中，预先合成好即时PCR引子与探针，将检体注入后以定量PCR方式进行反应与侦测分析。分析量比传统芯片少，属于低密度阵列，但兼具准确定量与定性；并且设备与技术门槛低，一般分子生物实验室即可自行操作。 新的中密度qPCr array：OpenArray是Applied Biosystems(应用生命系统公司，隶属于Life Technologies集团)产品，在玻片大小的疏水性基板中分为数十个矩阵区域；矩阵内为亲水性表面的微孔，有一组预先合成好的引子与探针。现有的规格是每片玻片有12*4 (48)个矩阵区域，每个区域为8*8 (64)孔。预计2012年有新的12K芯片与专用机台上市。